幻想乡一直以来出现过几次奇怪事件或现象，这些都被称为“异变”。东方Project系列作品都是以这些“异变”作主题的。原因多数都是因为妖怪们的各种理由而作的，异变开始之后，基本都是由博丽神社的巫女博丽灵梦出发调查，找出犯人加以惩罚。有时会有像雾雨魔理沙的人物一起解决异变。异变之中，精灵或是妖精的力量都会大幅增强，就算是一介妖精都能把灵梦打倒。解决大异变后，经常都会再发生小规模的骚动。
红雾异变是在『东方红魔乡～theEmbodimentofScarletDevil.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十八季的夏天。幻想乡被一股红色的妖雾笼罩著，使得太阳不能照到地面，令到幻想乡即使到了夏天依然很寒冷。普通人只能忍受这股红雾30分钟，很多人都留在家中以避开这股红雾。异变的犯人是同作品中的最终头目蕾米莉亚·斯卡蕾特。由于她被太阳光直射会导致皮肤气化，于是放出这股红雾，方便自己外出。这股雾持续了半个月，雾开始扩散到幻想乡以外。担心因红雾飘到幻想乡外，令到外界知道幻想乡存在的博丽灵梦就动身找出异变的原因。雾雨魔理沙也出发了。这次异变中，蕾米莉亚也首次在符卡规则下战斗，使得符卡规则逐渐普遍起来，以后幻想乡的人们都遵守着符卡规则战斗。
春雪异变是『东方妖妖梦～PerfectCherryBlossom.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十九季的春天。即使到了春天的季节仍然弥漫着冬天的气息，到了5月仍未见春天来临，还是持续下雪。异变的犯人是同作品中的最终头目西行寺幽幽子。从以前起她就对一棵名为“西行妖”的樱花树下的一具尸体产生兴趣，由于该棵樱花树长年不开花，于是幽幽子派庭师魂魄妖梦收集春度到冥界之中，希望令那棵树开花，从而看看尸体会否复活。这次异变亦成为伊吹萃香引起另一场异变的契机。
幽灵骚动：春雪异变后由于冥界与现世间的结界减弱，幽灵们发现了幻想乡，于是再引起这次异变。由于这次异变无法解决而被搁置一旁，最后由魂魄妖将幽灵送回原来的地方，解决了这场异变。
每隔三日的百鬼夜行：春雪异变与永夜异变间，『东方萃梦想～ImmaterialandMissingPower.』一作中发生，人们每隔三日就开一次宴会，每次宴会都弥漫着奇怪的雾的异变。时间点是第一百一十九季的初夏。虽然伊吹萃香和射命丸文都称之为百鬼夜行，但此异变没有给予正式的名称。异变的犯人是同作品中的最终头目伊吹萃香。由于每次都赏花宴会只持续很短时间，于是她就让人们不停地举行宴会，本人则利用自己的能力化为雾状，享受宴会时的气氛。伊吹萃香是于数百年前已被人类赶离幻想乡的鬼族一份子，在此异变之前，无人知道幻想乡仍有鬼存在。
永夜异变是『东方永夜抄～ImperishableNight.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十九季的秋天。黑夜持续，没有日天。其中的详细原因，除了异变关系者以外都不清楚。实际这是“尽管到了应是满月的日子，但没有满月反而出现了初月的异变”，所以把时间停在夜晚以便解决而出现的异变。虽然对人类没有问题，但满月不出现的话对妖怪来说是一件大问题。将满月隐藏了的犯人是同作品中的最终头目八意永琳，而使黑夜持续的不是他人，正是玩家操作的角色。作中的第四关，博丽灵梦或雾雨魔理沙会起来指责玩家操作的角色引起是次异变并展开攻击。
玩家的角色为了要赶在满月过去之前解决异变，所以将时间停在夜晚。由于停止的只是时刻，实际上只是停止了天盖的运行，停止了的时刻仍会随著时间继续前进。由于真正的月亮被掩盖了，因此八意永琳使用秘术“天文密葬法”制造出假的夜空，并在天空映照出假的月亮。即使不解决异变也好，假的初月也会在翌日作为假的满月升上空中，望上去会看见是一个红色的远古月亮幻影，对妖怪来说也是一点点的怀念。如果假的月亮升上空中，月球的使者就不能来到地上，地上的人也不能入侵月球了。
六十年周期的大结界异变是『东方花映冢～PhantasmagoriaofFlowerView.』一作中发生的异变。时间点是第一百二十季的春天。每隔60年，外界的幽灵数量大增，还历（干支回到起点重新计算）时出现的“结界缓和”现象，使得幻想乡中所有的花不问季节同时开花，同时幻想乡出现了大量的幽灵。三途川的向导－死神小野冢小町不能把这些幽灵送到阎王四季映姬·亚玛萨那度那里审判，因此无可依归的幽灵只有凭依在花朵中，使得各种花朵都盛开来。这次异变并非人为产生，只要等待时间过去，即可让幻想乡慢慢回复原状，令异变结束。
博丽神社大地震是『东方绯想天～ScarletWeatherRhapsody.』一作中发生的异变。时间点是第一百二十三季的初夏。突如其来的地震，把博丽神社震至倒塌。虽然如此，其他地区却丝毫没有损伤。引起异变的是本作的最终头目比那名居天子。天子对于自己在天界的生活感到很不满，认为太过空闲，于是抱着“让我弄个异变出来让人类来解决吧”的想法，在博丽神社处引发了地震起来。天子能够引发各种气候现象，她手上持有的“绯想之剑”（绯想の剣），能够准确斩击“气质”的弱点，并将它化为“绯色之雾”（绯色の雾），以确认气候状况。天子能够将那些绯色的云集在一起，以自身所拥有的气质改变周围的天气，引起异常气象。另外，西行寺幽幽子和小野冢小町两人能察觉到是气质使天气反常，她们也能读得他人所持的气质。
间歇泉异变是『东方地灵殿～SubterraneanAnimism.』一作中发生的异变。时间点是第一百二十三季的冬天。博丽神社附近突然出现了间歇泉，同时涌出大量怨灵。间歇泉出现的原因是地底中水因灼热地狱的热力增强而沸腾，从地面溢出来。而使灼热地狱的势力增强的是同作品中的最终头目灵乌路空。空本身是守矢神社在妖怪之山所进行的能源（核能源）开发计划的一部分，被选中并植入代表太阳的八咫鸟的力量，但在两位神明在没有注意到的情况下（原本是希望空能够把增强的力量扩展到地面上让河童进行利用，但似乎被空误解了），起了征服地上的念头。而怨灵是火焰猫燐为了让地面的妖怪注意到地下所发生的事情而放出并作为求援的讯息。事件后怨灵停止涌出，但空无法使高温的间歇泉遏止。
还有，在『东方风神录～MountainofFaith.』(下称『风神录』)一作中，博丽灵梦和雾雨魔理沙二人因异变以外的原因而出击。
其他异变或事件以下所举的异变和事件都只存在于作品的设定，并无实际登场。
幻想月面战争骚动：千年以前，八云紫在湖的水面映照出满月的虚实境界把月球与幻想乡连接起来，引领当时数量众多的妖怪透过湖中的满月入侵月球。但他们不敌月球的先进近代兵器而被打败。从此之后，幻想乡的妖怪便很少侵攻外界了。
大结界骚动：百多年前，由于八云紫决议建立博丽大结界，惹来很多妖怪反对，引致妖怪们互相对立、战斗。在这场骚动期间由于妖怪停止了捕食人类，所以赢得人类的称赞。妖怪们得知“博丽大结界对妖怪来说是好事”后，骚动就逐渐平息了。由于幻想乡与外界隔绝，妖怪不能到幻想乡外捕食人类，于是规定了妖怪不能随便捕食人类，并为不能自给粮食的妖怪供给食物。这使得妖怪的力量大为减弱。
吸血鬼异变是吸血鬼们企图支配幻想乡而起的纷争。由于当时妖怪力量衰落，吸血鬼仍持著强大的力量，所以很多妖怪都败给吸血鬼，成为吸血鬼的手下。最後吸血鬼被幻想乡最强大的妖怪们联手压制起来。之後双方商议定立“吸血鬼条约”，以准许人类作为吸血鬼的食粮为代价，限制吸血鬼的活动。以这场事件为契机，妖怪们与博丽灵梦协议，商讨应制定怎样的战斗规则。就样这样制定了称为“符卡规则”（スペルカードルール）的战斗规条。
官方并没有加以说明是哪名吸血鬼引起这次异变，一般都相信是蕾米莉亚·斯卡蕾特所为。『求闻史纪』(p.77)中阿求述说是“确认在幻想乡存在的吸血鬼”，即斯卡蕾特姐妹，不过现时为止在东方世界中存在的吸血鬼（除了旧作）就只有蕾米莉亚以及芙兰朵露而已。阿求在“幻想乡缘起”中推测在蕾米莉亚出现在幻想乡之前，“吸血鬼条约”经已成立。ZUN的官方记载没有说明，而在キャラ☆メル的创刊号(小说『儚月抄』第1话连载的号)中110－111页揭载了的东方Project介绍中，就说明是蕾米莉亚引起这场异变。
第二次月面战争是『东方儚月抄』中发生的异变。『永夜抄』的3年後，谣传原是月球人的蓬莱山辉夜、八意永琳、铃仙·优昙华院·因幡与地上人一起侵攻月球。当然，虽然永琳们已对月球没有感觉，并不完全想进攻月球，但的确有些想利用永琳的势力存在，永琳正是在对付那些势力。另一方面，八云紫趁著这个机会，与博丽灵梦以及其他妖怪计划一起进攻月球。
注：“第一次月面战争”是指“幻想月面战争骚动”。