黄超有意学习尼奥的做法，只会改变一点细节，因为救世主事件，实际上是造物主策划的，他在矩阵中表现为造物主，一个白西装老头，在外面则是机械大帝，完全由小型章鱼组成人脸。
他没有实体，是一种意志存在，所有模样恶心的机器人，都可以看作他的肢体：这又是克鲁苏神话的暗示。他们操控着锡安，墨菲斯一直表现地很坚定，然而他真的是被骗了。救世主本来就是个谎言。
黄超不想表现地太强，这会让造物主感到他失去了控制，也不能表现得太弱，否则先知那边可能要挑选新的替代者。而万幸的是，他知道尼奥应该做到什么程度：他是看过电影的。
所以现在黄超复制了电影里尼奥的行动，冲进去救墨菲斯，只是多带了几把枪。枪支这些东西在矩阵中是“合法”的，所以他们可以携带。这是程序的一个漏洞，但是无伤大雅。黄超感觉自己也能编码出核弹，但是他摧毁的建筑，在一个呼吸间就可以再生，他杀掉的只有那些作为电池的人类意识。
“我们不需要太多人，队伍要尽量小，人数对于特工没有意义。”黄超淡然地说道，把两个本该死掉的酱油成员留在了外面。
他和崔妮蒂进入矩阵中，两个人像电影一样，袭击了特工所在的大楼。他们引爆了电梯间，沿着缆绳直接升到楼顶。
黄超压制实力，没有展现飞天遁地的神奇之处，但是他手上的枪支就像死神的宣告，敌人在他面前瞬间就被爆头。黄超咧嘴笑了笑：“这个实景射击游戏，玩得真是爽。”
天台上被清理干净，一个特工冲了上来，黄超跟他纠缠一会儿，互相躲子弹玩。这是反应能力和时间流速的共同作用，两个人都影响了程序空间。如果在现实里用这种速度躲子弹，衣服早就被扯烂烧毁了。
特工最后被一旁偷袭的崔妮蒂击毙，两个人之后开直升飞机救出了墨菲斯，他们在一个车站返现实。墨菲斯和崔妮蒂先到了现实，然后史密斯占据了流浪汗的躯壳，打碎了电话机。
黄超和史密斯相对而立，坦克等人大喊：“尼奥，快跑！”但是黄超听不到他们在说什么，矩阵里的黄超也没有移动。墨菲斯欣慰地说道：“他已经觉悟了。”
在外面世界众人的围观中，黄超和史密斯开始了一场大战。这对史密斯来说是一场苦战，而黄超完全是把实力压制到和他一样，然后装模作样地进行对抗。
黄超这次拖延的时间很长，史密斯皮糙肉厚，黄超一般的攻击，根本不能让他失去战斗力。黄超懒得再跑，一直拖到另两个特工过来，他们开枪射击，然后黄超一手伸出，挡住了子弹。
“我等这一幕等了好久啊。”黄超在心里不耐烦地想道。在对打过程中，他早就看透了史密斯的程序，他冲进史密斯的程序中，把他摧毁了。
外面的人已经无法解码，但是他们猜到一件事：尼奥消灭了一个特工！船舱里响起一片欢呼，这意味着尼奥真的是救世主，他已经开始做出“奇迹”的事情。
黄超的精神附着在史密斯的程序碎片，沉入了世界表象之下的大循环中。在这里程序碎片应该消失，然而史密斯的程序碎片，却在某种“意外因素”的作用下开始重组了。
“尼奥怎么了，他为什么站住不动？”外面的人焦急地看着黄超，现在编码恢复正常，黄超所在的地铁站台只剩下他一个人。
黄超站立不动，生灵空间内部的运算核心已经运转到极限，他追踪史密斯的残片到达了矩阵最深处，这是程序起源的初级编码，这是智能的起源。黄超所在的位置，空间突然发生了一阵波动，墙壁显出水波一样的起伏。一张破旧报纸飞了过去，下一秒，一章同样的破报纸飞了过去。
这片空间已经不稳定了。黄超的眼中闪动着不同的神采。生灵空间中，计算核心在发出一声轻微的爆鸣，内部有淡淡的烟雾渗出，计算核心已经失灵了。
黄超没有停止，现在他已经不需要这个外置辅助设备。矩阵是一个共用的程序世界，这里没有一个完整的掌握者，造物主没有全能的实力，否则他根本不必被“异常因素”困扰。
在大量人类精神注入后，这个世界已经有了自由不可控的特质，那是所谓“自由意志”。这完全是为了让主角能赢，得益于这些帮助主角的设定，黄超在程序深处，展开了自己的精神世界。
这本来就是一个虚无的空间，精神没有极限，解放心灵就可以不受世界束缚。而黄超的能力，更是与这里高度适应，一个史密斯正在形成，黄超分出的心神，再次改造了一个躯壳，站在站台的黄超露出一点微笑。
他醒了过来，和外面的人取得联系，退出了矩阵，但是他还和矩阵世界紧密相连，他的精神跟随代码的转化，一份意念把自己整容为史密斯，而其他精神力量，开始覆盖矩阵的世界。
黄超在头脑特工队曾经有过一个精神世界，现在他解放心灵，将它重新释放出来了。精神力开始演化世界，在这个过程中，它正在吸收矩阵的营养。
现在的黄超，就像是一边走路一边玩手机，分心数用对他来说，太常见了，但这跟意识分裂完全不同。黄超只有一个意志，如果说普通人都在玩单人动作冒险游戏，一次用一个人物，黄超现在就是在玩多人策略游戏，他操控了数个人物，但玩家也不会因此精神分裂。
真实黄超再次分裂，外界黄超睁开了眼睛，他露出淡淡的笑容：“很好，我们大家都没事。”
黄超在船上受到了热烈欢迎，拉皮条的小子和怪声怪气的叛徒挂了，船上的气氛变得比以前还和谐。
然后他们开始拯救人类，把那些意识到矩阵世界的人接到隐秘地点，然后给他们吃药，他们就会退出矩阵，被外面的接应者接走。黄超负责处理一切意外。