在帝国陆军第1集团军正隔着筑后川同日军进行激烈炮战的时候，帝国海军和海军陆战队，正在联手策划攻陷日本海军的重要基地——佐世保海军基地的计划。
佐世保海军基地自1883年时，第二丁卯舰舰长东乡平八郎入港勘测后，便逐渐被视为一座重要的军港，从原本江户时代的小渔村发展成日本帝国海军的作战基地及造船设施。1889年时在此设置了“佐世保镇守府”，使佐世保成为西日本的防御重心、以及对亚洲大陆的出兵据地。1905年的对马海峡战役中，已成为大将的东乡指挥联合舰队从本港出动，并击败了俄罗斯帝国的波罗的海舰队。
在和中华帝国对抗期间，佐世保海军基地也是日本海军联合舰队的常驻港口。特别是中华帝国帮助琉球王国重建，使得那霸港成为了中华帝国海军太平洋舰队的母港之后，日本面临的威胁更大，这使得日本海军大半的战舰，都部署在了佐世保海军基地，为的就是能够和中国海军对抗，在战争爆发的第一时间就能够出港和中国海军作战。
另外，从佐世保海军基地出发，能够直接进入东海，或者北上通过朝鲜海峡进入鲸海。威胁中华帝国的沿海地区或者海上运输线，十分的便利。
在这一次同中国海军的决战之中，日本海军联合舰队的主力，也是从佐世保海军基地出发的。虽然，日本海军的主力已经几近被中国海军歼灭。但是，在佐世保军港内，日本海军还部署了几艘轻巡洋舰和十多艘驱逐舰的。如果这些轻巡洋舰和驱逐舰不顾一切冲出军港，杀入帝国沿海的话，对帝国的海上运输线也会造成严重的威胁的。另外，佐世保军港的存在，也牵制了帝国海军不少的力量。如果能够一举将佐世保海军基地给摧毁的话，那么，帝国海军就可以将这些战舰都抽调出来，用于封锁日本了。
进攻佐世保的计划，主要是由帝国海军和海军陆战队第3师来完成的。海军抽调了三艘‘三皇级’战列舰，加上一票重巡、轻巡和驱逐舰，组成了一支舰队，专门用来对付佐世保海军基地的岸防工事。即便，佐世保海军基地有完备的岸防设施，但帝国海军的‘三皇级’战列舰的410毫米主炮，同样能够将这些岸防工事给砸开的。另外，帝国海军的‘三皇级’战列舰的防御比较强悍，即便是在激烈的炮战当中被日军的岸防炮击中，也无伤大雅，不会造成致命的伤害的。因此，用‘三皇级’战列舰来对付佐世保海军基地，那无疑是最合适的。当然，如果海军陆战队第3师能够从侧后发起攻击，一举拿下佐世保海军基地的话，那就更好了。这样的话，也就不至于让帝国海军最新锐的战舰去冒险了。
黄帝纪元4621年9月6日，帝国海军陆战队第3师已经推进到了佐世保海军基地的后方了。海军陆战队第3师的侦察营，甚至已经摸到了距离佐世保海军基地仅仅一公里的日军防线上了。
日军在佐世保海军基地，部署了一个海军陆战队大队，另外还有日军第十八师团的一个旅团，总兵力八千多人。另外，在佐世保海军基地，还驻扎了一支岸防炮部队，负责操纵海军基地里面的岸防炮来对付海面上的目标。如果加上滞留在佐世保海军基地里面的海军官兵的话，整个基地一共有一万多名官兵。当然，这其中真正具备战斗力的，就只有日本陆军第十八师团的一个旅团，以及海军陆战队的那个大队了。而他们要面对的，则是帝国海军陆战队第3师，一个整编的海军陆战师，一共一万八千余人。在兵力上，帝国海军陆战队还是占据了决定性的优势的。另外，帝国海军陆战队还能够得到海军的大口径舰炮的支援。以至于帝国海军陆战队能够在战斗当中，进一步的占据优势。
9月6日上午，帝国海军进入到了距离佐世保海军基地不过十余公里的海面上。在这个距离上，帝国海军的三艘‘三皇级’战列舰，完全可以用大口径的主炮对佐世保海军基地进行炮击。当然，日本海军的岸防炮，也能够打到这里来。只是，能否击中在海面上高速移动的帝国海军的战列舰，这就很难说了。
在日本海军战败之后，日本海军联合舰队参谋长冈田启介中将下令在佐世保海军基地外围海域，部署了大量的水雷的。为了清除这些水雷，帝国海军调集了十余艘的扫雷艇，经过了三天的努力，才清扫出了一条安全的航道的。即便帝国海军的‘三皇级’战列舰防御力强悍，但如果碰上了水雷的话，损失也会比较惨重的。因此，帝国海军的‘三皇级’战列舰，在对佐世保海军基地炮击当中，需要极力避免进入这些水雷密布的海域。
“轰！轰！轰！”上午9点，帝国海军的‘伏羲’号战列舰首先开始了炮击。三座三联装410毫米主炮，向佐世保海军基地倾斜炮弹。十几秒钟之后，炮弹落入了佐世保海军基地内，发生了震天的爆炸。
“参谋长阁下，我们遭到了炮击。是支那海军正在用强大的战列舰炮击我们！”一个参谋军官神色慌张的向冈田启介中将报告。
“可恶！命令岸防炮，立刻还击。”冈田启介中将立刻命令道。
用水雷阻断航道，在用岸防炮封锁附近海面，成为了日本海军联合舰队唯一能够保护自身的战术了。但是，现在中国海军居然又杀来了，这无疑让冈田启介中将感受到了危机似乎来临了一样。
“嗨！参谋长阁下。”参谋军官点了点头。
几分钟之后，日本海军的那些岸防炮，开始了炮击。这些岸防炮，有305毫米的，也有280毫米，254毫米或者210毫米的。大大小小，一共有四五十门。这也是在日本海军面对中国海军失去了优势之后，才加强到佐世保海军基地的。就是为了在海军失利之后，他们还能够利用这些岸防炮，保卫佐世保海军基地。
不过，在帝国海军下定决心也拿下佐世保之后，日本海军的这些努力，就显得有些微不足道了。
“轰！”一枚410毫米穿甲弹，击中了日本海军的一座炮台。厚达一米多的钢筋水泥浇筑的炮台，也没有能够抵挡住重达一吨多的410毫米穿甲弹。穿甲弹击穿了炮台的防御，在炮台内部爆炸。剧烈的爆炸，直接将这个炮台炸的四分五裂，里面的炮兵尽数被撕成了碎片，那门280毫米岸防炮，也被摧毁了。
日本海军的岸防炮的炮台，在防御上，几乎都是无法抵御帝国海军的410毫米主炮的，一旦被410毫米穿甲弹击中，往往就只有一条路，那就是被彻底的摧毁。
不过，日本海军的岸防炮，还是在尽力还击。但是，他们想要击中在海面上快速移动的战舰，可不是那么容易的事。绝大部分的炮弹都落到了海面上，溅起了一道道的冲天水柱，除此之外，再没有其他的作用了。
在帝国海军猛烈炮击佐世保海军基地的时候，帝国海军陆战队第3师，也从佐世保海军基地北面，猛烈进攻日本陆军和海军陆战队的防线。
或许是日本人重来就没有想到过佐世保海军基地会面临来自于陆地方向的进攻。所以，他们的防御，几乎都是针对海上的。这就导致日本陆军和海军陆战队，面对帝国海军陆战队第3师的进攻的时候，没有多少防御工事可以依赖，更多的则只能够是硬抗。
日本海军陆战队和陆军，在战斗力上，本来就不是帝国海军陆战队的对手。更何况，帝国海军还抽调了两艘重巡洋舰，专门为他们提供炮火支援。日本陆军和海军陆战队，在帝国海军的重巡洋舰的炮击下，损失极其惨重，根本就无法抵挡帝国海军陆战队的进攻。
激烈的战斗，进行了不到一天的时间，帝国海军陆战队第3师就攻破了日军的防线，攻入了佐世保海军基地内。与此同时，日本海军在佐世保周围的岸防炮，也会摧毁了大半了。停泊在军港内的那些轻巡洋舰和驱逐舰，更是遭受了灭顶之灾。
在这样的情况下，日本人还能够坚持多久呢？
当天傍晚，帝国海军陆战队第3师攻下了日本海军联合舰队司令部。日本海军联合舰队参谋长冈田启介中将在战斗当中被乱枪打死。随后，帝国海军陆战队从陆地上攻下了日本海军的那些岸防炮阵地，彻底的清除了日军的那些抵抗力量，占领了整个佐世保海军基地。
佐世保海军基地的陷落，代表着日本海军联合舰队自此已经被全部歼灭了。同时，整个九州岛西部，日军也没有什么像样的抵抗力量了。如果帝国陆军第1集团军能够在久留米会战当中打败日军的话，整个九州岛落入帝国的手中，那就是没有什么疑问的了。