大清帝国最后的精锐王牌之师，中日甲午战后，清廷在无能力、无财源、无兵备的情况下，决心建立一支新式军队。光绪廿五年二月廿日，清廷正式成立武卫军，改聂士成武毅军为武卫前军、董福祥甘军为武卫后军、宋庆毅军为武卫左军、袁世凯新建陆军为武卫右军，荣禄新募部队为武卫中军。至1899年6月正式成军。
武卫军是19世纪末清廷直接掌握的拱卫京畿的武装部队。1898年（清光绪二十四年）慈禧为首的顽固派在镇压戊戌变法以后，为加强京师和近畿防务，威内御外，命军机大臣荣禄为统帅，编组北洋各军为武卫军。至1899年6月正式成军。聂士成部淮军武毅军为前军，仍驻芦台（今天津宁河）；董福祥部甘军为后军，驻蓟州（今天津蓟县）一带；宋庆部毅军为左军，驻山海关内外；袁世凯部新建陆军为右军，驻天津小站。另招募勇丁、抽调八旗兵组成中军，由荣禄亲统，驻南苑（今北京大兴）。
1900年春，荣禄奏准将驻扎江苏徐州等地的武卫先锋左右军各扩编为10营，袁世凯指挥的武卫右军先锋队扩编为20营，全军扩充到8万余人。除袁世凯部右军为新建陆军、聂士成部前军接近新建陆军外，其余各军均仍旧制，装备则大多为新式武器。在1900年抗击八国联军入侵战争中，前、后、中军伤亡、溃散甚多，旋被取消番号。左军也受创削弱，民国后纳入北洋军系统。右军和右军先锋队在山东镇压义和团，未与八国联军作战，保存了实力，成为1905年改编新军第5镇的基础。武卫军仅两年即瓦解，慈禧集中军权、拱卫京畿的努力失败。
武卫右军编制完全依据当时（1890年代）德国最新步兵师编装，包括总部、教育单位及步队五营（满编八营）、炮队一营、马队一营、工程队1/2营（满编一营），共七千四百人。
武卫右军满编时合计官519、正副头目及兵8409、长夫2541。
（一）总部
武卫右军总统：袁世凯。
下设：营务处、洋务局、粮饷局、军械局、军医局、转运局、侦探局。
营务处：设全军参谋军务营务处、执法营务处、督操营务处、督队稽查先锋官、督练稽查、调队旗号、调队稽查、文案等等，合计官29、兵168、长夫100。
营务处第一任全军参谋军务营务是徐世昌。
洋务局：设德文学堂、步队学堂、炮队学堂、马队学堂、学兵营等单位。
粮饷局：官8、兵16、长夫20。
军械局：官4、兵9、长夫15。
军医局：附设军中医院（西医）。官3、兵2、长夫10。
侦探局：战时编制。
（二）步队
依据当时方块师的架构，分左右两翼（旅），每翼设两分统（团），每分统辖步队二营。第一任左翼部队翼长为姜桂题。
每营分四队（连）、每队三哨（排）、每哨六棚（班）。每营合计官60员、正副头目及兵1112员、长夫282员。
步兵基本装备包括：冬夏制服各一套（黑色）、皮衣一件、军帽、战靴、雨衣雨帽、军毯、背包、水壶、圆锹、绷带、止痛药、棉花。步兵配奥国Mannalicher8.5公厘步枪，子弹50发；军官每人另有军*刀、左*轮手枪。
每十人帆布帐篷一顶，每棚（班）另有油灯、大圆锹、斧、锯、锄头。
每哨（排）有双筒望远镜、指南针。
每营另有小号、小鼓、罗、信号灯、电话等等。
（三）炮队
炮队设一分统（团），第一任统带为段祺瑞。
分统下辖炮队两营（实际只有一营），每营分成左队、右队与接应队三队，每队三哨。每队合计军官46、正副头目69、兵828，但是编制装备有所不同。
炮队左队使用克鲁伯75速射炮18门，分成中左右三哨，每哨六炮，每炮配马7匹。每哨有9棚，三棚使用二炮──1棚用炮、1棚预备、1棚警戒。:
右队使用格鲁森57速射炮24门，分成中左右三哨，每哨八炮，每炮配马七匹。
接应队使用格鲁森57速射炮18门，分成中左右三哨，每哨六炮，每炮配马七匹。
以上合计克鲁伯75速射炮18门、格鲁森57速射炮42门。
（四）马队
马队编制二营，但实际上只有一营。每营分前后左右四队、每队三哨、每哨四棚。每营合计军官26、正副头目48、兵384、号兵12、护勇26，马556匹。
单兵配军*刀、奥国Mannalicher8.5公厘马枪，子弹50发；军官每人另有军*刀、左*轮手枪。
第一任马队分统为任永清。
（五）工程队
包括：桥梁队、地垒队（筑城）、雷电队（地雷）、修械队、测绘队、电报队。合计官41、兵366、长夫114。
第一任管带为王士珍。
（六）辎重队
编制为三骡骡车168辆、车夫336、骡504匹，但是由于预算不足，一直只有半数。
辎重队指挥为张勋。
武卫右军先锋队
武卫军编成后有两次扩充，第一次是在江北编组武卫先锋左右两军，第二次是在山东编组武卫右军先锋队。
武卫右军先锋队不像之前的武卫各军，是全新的单位，没有旧包袱，编装制度较新，是清廷希望将武卫军发展成为正规国家中央军的实验单位。从太平天国之乱起，清朝的军队如湘军、淮军都是地方督抚的个人单位，中央的八旗、绿营早已腐朽，当战争发生的时候，中央只能看地方大员的脸色，督抚们愿意出兵就算万幸，像八国联军的时候，封疆大吏们根本搞联省自治，中央跟外国宣战，地方宣布中立，根本就是国中之国，皇帝只能看大家脸色。
甲午战争后，清廷认识到旧式军队的不可恃，开始了裁汰旧军、编练西式新军的活动。其中，北洋的新建陆军和南洋的自强军在组织编制、干部配备、武器装备、操法训练等方面开始模仿西洋，开了练新军的先河。
1894年底，督办军务处委派广西按察使胡燏棻编练新军，到次年已经募足步、马、炮、工共十营四千七百五十人，号定武军，驻天津马厂训练。定武军中的炮队有正副两营一千人，装备火炮以克虏伯、格鲁森炮为主。这年年底，改由浙江温处道袁世凯接练，驻扎津南小站训练，并改称新建陆军。新建陆军改革了营制，每营编制人数较定武军有较大增加，共编有步、马、炮、工共八营七千三百人，分左右两翼。其中炮队一营，列为左翼，编为左翼炮队第三营，炮队营的统带官为段祺瑞，营分三队：左翼重炮队、右翼快炮队和接应炮队，每队又分三哨。左翼重炮队领官商德全，装备克虏伯七生半（过山轻炮十八尊；右翼快炮队领官田中玉，装备格鲁森五生七过山快炮二十四尊；接应炮队领官张怀芝，装备格鲁森五生七陆路快炮十八尊。全营官弁兵夫总数高达1651人，配马474匹，炮六十尊42。从编制与炮位数上看，相当于西制一个炮兵团，队相当于西制炮兵营。新建陆军的火炮装备主要是甲午战争时委托德员汉纳根设法购入储存于北洋，建军后由袁世凯电禀督办军务处拨与。
1898年底，新建陆军改编为武卫右军，内部组织基本不变，并于次年随袁世凯开赴山东。1900年庚子事变时，因荣禄的武卫中军无炮兵，袁世凯奉召将右军接应炮队与部分步兵组织为步炮混合队七百余人，委张怀芝率领去北京拱卫武卫军大营。在清廷向各国宣战后，武卫后军与神机营、虎神营围攻东交民巷使馆不下，调张怀芝的开花炮队往击。张怀芝得荣禄“横竖只要宫里听得见炮声就是了”的密谕，虽炮声连连，而不伤使馆毫发，避免了更严重的后果。战后全部归建。
1901年底，武卫右军随袁世凯离鲁入直，驻扎京师南苑，成为朝廷拱卫之军。以后由于调拨变化，炮队的装备稍有改变，到改编北洋常备军前夕，有格鲁森五生七陆炮十二尊、格鲁森五生七山炮三十二尊，又增加了克虏伯八升七围城快炮四尊、马克沁八毫米二轻机快炮（即机关枪）八尊44。1905年春，在扩建北洋军的运动中，武卫右军被改编成北洋常备军第四镇，即以后的近畿陆军第六镇，炮队营也相应地被改编为炮队第四标（即以后的炮六标），其中左翼重炮队、右翼快炮队和接应马炮队分别改编为炮四标第一、二、三营。
南洋的自强军也是与新建陆军同时编练的一支新式军队，在两江总督张之洞的大力支持下，练成步马炮工十三营共计二千八百六十人，比新建陆军规模要小。其中炮队两营，每营四哨二百人，装备炮六门，相当西制一个炮兵连。自强军的两营炮队中，一营装备克虏伯八生的后膛钢炮六尊，另一营装备英国麦克尔逊七生半后膛钢炮六尊。自强军一直没得到发展，以后转归北洋节制，1905年春与武卫右军合编入北洋常备军第四镇。