丘所奏之事，立即传遍朝野。
真相是朝廷派出的御史吕毓昌在归德府上，查出河工贪腐之案，被府同知买通其下人所害，归德府知府命仵作伪造其自杀，以此为结论上报朝廷。
至于其他还有知情不报，有贪污河工银犯事官员。
其中有在河道衙门，布政司，按察司，御史任职官员，还有万历十年十一月后从河南调任至他处的官员。
一共一百二十五名官员涉案。
其中二品以上官员两名，河道总督李子华，现任右布政使董汝汉。
三品以上官员三名，原河南按察使，河南道参政，大梁道参政方进。
四品至七品官员三十九名，河南沿河州府县官员，甚至监察官员大多在列。
天子从初期的震怒，怒不可遏，待得知这么多官员涉案后，则是成了一脸懵逼。
于是天子下令刑部左侍郎主审此案，两日后刑部左侍郎上表称疾。
天子又命大理寺协理此案，大理寺卿上表年老告致仕。
天子闻言震怒，这还有没有王法了，各个都怕得罪人，不敢担当。
刑部，大理寺推托，三法司只剩下一个御史台。
御史台里老成持重的官员纷纷推托，倒是有一群愣头青口口声声的要杀尽贪官，整肃官场，但他们这么说，反而不敢将此案交给他们去办。
天子当下气不打一处来，刑部，大理寺，御史台都在推脱，没有一名官员敢出面任事。
好，那就给朕一起干活！一个也不准逃。
于是天子下旨三法司会审！
如此案子方有人办，但三司官员凑在一起，足足审理了一个月，仍是没有任何结果。
天子本想他们群思群议，拿出一个决定来，但却成众官员推诿扯皮之处。
而其间无数人或出面，或请托，在三法司官员那替人说情。
与其同时丘的名声，也有一天一地的变化。丘奏章刚上时，读书人是一片叫好，认为其有风骨，不愧是嫉恶如仇，眼睛里掺不得沙子的好官。
但风向后来立即有了变化，如之前丘所弹劾的官员，就有不少人在这时喊冤叫屈。
特别是他主审张居正案，籍没张家之事，被拿出来说。他逼死张敬修，以及辱及张家女子，欺负孤儿寡母之事被公之天下。
最重要是他言之凿凿说张居正贪污了两百万，但最后抄家只得二十万两，甚至连寄脏的曾省吾等三名官员家里都抄了，结果也还不到二十五万两银子。
但丘仍觉得自己没错，不仅没有把责任揽在自己身上，反而怪当时湖广官员纵容包庇，使得张家从容转移财产。
此事在街头巷尾议论纷纷，然后就有官员上表说丘，在抄没张居正家中所为，并质疑丘如此酷吏，那么他在河南办案，是否真的过苛？
此表一上，李植等当初弹劾过张党的御史们坐不住了，当场上奏章维护丘。
于是朝廷上奏章往来，成了一场骂战。但是这一次舆论都不站在，主持清算张党的李植等御史这一边。
追究当初丘抄没张家的奏章络绎不绝，与李植等御史形成骂战。
申时行府上一时间车马不绝，官员们都上门求申时行出面，在天子面前保下河南官员。
就在这时，林延潮的奏章抵京师。
林延潮奏章弹劾原归德府知府，同知主谋了御史被刺之案，河道衙门监督不利至河工敷衍，除此二处外，于河南道其他官员一字不提，等同于保下了这些官员。
林延潮奏章一上，本是磨磨蹭蹭一个月多的三法司会审官员立即精神抖擞，马上有了结论。归德府知府，同知为首犯，但河道衙门，及其余官员虽有失职之处，却并非大罪。
于是天子召三辅臣议事，最后商议此案。
当时议论经过外人不得而知，只是后世申时行所撰的文章中窥得一丝半点。
天子召三辅臣至乾清宫暖阁问道：“河南大灾，小民不得安生，其罪乃关于吏弊，或是朕德不修？”
申时行对道，臣等窃见近年以来，并非河南一地，各处奏报灾伤，如陕西亢旱、江南大水、江北又有蝗虫。但河南黄河冲决，委的灾伤重大。皇上圣德方隆，岂宜有此？这是臣等奉职无状所致。臣等自当痛加修省外，整治吏弊。”
天子容色稍宽曰：“丘参劾河道官员贪墨，不恤百姓。这些官员当如何处置？”
申时行对道：有司为民父母，若是贪赃坏法，百姓不得安生，自当问责有司。臣有等一得之愚，眼下河南百姓于水深火热之中，严惩贪官污吏并非治本之道，若要救百姓，平息民怒在于蠲免赈济。”
天子道：“太后说憨山大师有言，朕即位以来，虽是天下太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天下才有这么多灾害。朕反思再三，打算恩抚天下。”
申时行道：“圣见高明，深切时弊。臣等不胜仰服。容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行。”
天子道：“可。”
于是申时行退下后拟旨，天子御览后昭告天下。
谋害御史吕毓昌的三位奴仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩。
指使杀人的原归德府同知，勒令自尽。
包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺配流放辽东，遇赦不赦。
右布政使董汝汉调广东右布政使。
河道总督李子华等其余官员尽数罚俸。
被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼下葬，朝廷于其家乡表彰其忠节。
丘破案有功，增俸一秩，林延潮禀案情有功，赐银百两。
最后天子重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可等尽罚俸一年。
但官员得得失失，并非如此简单，这一次申时行与言道的交锋，最后言道败北，申时行大获全胜。申时行保住了相位，赢得天子信任，并博得宽大之名。
而丘虽被天子嘉奖，但遭众官员弹劾下，清名尽毁，向天子请求辞官。
天子准予致仕。
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