从苏州回到镇江的这几天，周士相一直不得闲，不但有大堆的公文需要他处置，还得不断召见部下将领，对他们面授机宜。原本定于四月北上辽东的计划因江南暴乱不得不暂时搁置下来，当前乱后重建和赈灾等事项成了军部的头等大事。
这其中不但需要军队稳定地方，剿灭余匪，恢复地方治安，重建地方统治，更重要的是，军队需要以“救世主”的面貌面对百姓。原先从各地调集到松江、崇明的大批军粮现在也不得不从仓库拉出，用以赈济因为暴乱而家园被毁的百姓。
初步统计，此次暴乱死伤百姓多达十二万人，流离失所，无家可归的有近五十万众。如果能将赈灾安置和镇反运动相结合，使流离失所的百姓能够尽快返乡重建家园，无疑能够极大改变太平军的形象，拉近太平军和江南百姓的距离。
周士相对灾后重建很重视，相继投入四个镇的力量用于赈灾。在太平军之前，明朝军队几乎还从没有过大规模赈灾的经历，也没有这方面的经验。而早在广东时，太平军就从事过风灾救援和灾后重建的相关工作。一定程度上，太平军已经有了后世人民军队的雏形，当然，仅仅是军队机制的雏形，而不是思想和人性方面。本质上，太平军依旧是一支封建军队，只不过因为统帅的缘故，使之具有了后世军队的一些职能。
在忙着部署灾后重建和灾民安置时，周士相抽出空接见了从北京来的传教士南怀仁。
南怀仁从北京南下后，先是在扬州呆了半个月，然后被送到南都。在去镇江之前，南怀仁见过被定武帝接入宫中的朱慈煊。
朱慈煊出生时即受洗成为天主教徒，教名“当丁”，即“君士坦丁”。当时替朱慈煊受洗的西方教士希望借由朱慈煊的受洗与即位，使明朝能如同罗马帝国般开始转天主教为国教。这一策略很成功，因为不但朱慈煊受洗成了天主教徒，永历帝朱由榔本人也成了天主教徒。
不过可惜的是，朱由榔没能恢复明朝，反而死在了四川的丛山峻岭之中。而明朝现在的皇帝对天主教并不感兴趣，而因为朱由榔的缘故，朱慈煊已然失去了大明帝国继承者的身份。据宫中的消息说，朱慈煊很有可能会被皇帝册封为亲王，然后回到他祖父曾经就藩的衡州居住。这个消息是真是假，南怀仁暂时无从分辨。他可以肯定的是，朱慈煊不可能再成为天主教的合作者，天主教现在唯一能够合作的伙伴就是那位并不在南都的齐王，也就是鞑靼人口中的“贼秀才”。
在枯燥等待了两个多月后，南怀仁终于得到通知，他可以面见齐王殿下了。带着些许忐忑的心情，南怀仁从南都前往镇江，路上听到了有关江南正在发生暴乱的消息。这个消息让南怀仁十分苦恼，因为他担心那位齐王殿下可能因为此事而不得不放弃与他的见面。事实也正如南怀仁所想，他到了镇江后，果然没有见到齐王殿下，而是被当地官员安置在一座寺庙中。
半个月后，他方才见到了从外地回来的齐王殿下。让他高兴的是，那位年轻的齐王殿下对于他似乎并不陌生，并且对天主教也没有什么敌意，这和澳门传来的有关这位齐王殿下的情报并不符合。
南怀仁有些激动，认为他来南方是对的，很有可能，天主教在东方的宏伟事业将在他手中开启。只是，南怀仁却怎么也没有想到，这位年轻的齐王殿下虽然对天主教和他都有好感，但却不愿听他多说上帝的福音，而是告诉他，天主教在东方的传教士必须协助他的军队进行有关火器、大炮的改良和生产，并且在他开办的学校中任职，教授他们所会的算术、天文、地理、造船等知识。只有传教士们的工作让他满意，他方可能考虑给予天主教在东方传教的自由。
最后，这位齐王殿下以近乎威胁的口吻告诉南怀仁，如果他不同意，或者他所在的教会不同意他的要求，那么，天主教就会被宣布为邪教，以律法的形式禁止他们在中国的一切活动。
南怀仁不能替教会做决定，于是他写了一封信给北京的汤若望。但是他本人却答应了齐王殿下的要求，愿意协助明朝的军械司研制齐王声称的开花炮弹。
对于宗教的态度，周士相一如继往，那就是所有的宗教都是邪教，只要是宣称有神存在的宗教，都是反文明的存在。只是，他本人不信神，也不信教，可是这个时代的百姓却迷信这些虚构事物的存在。哪怕在他的前世，也有很多愚蠢的人相信有所谓的神灵。
既然无法制止宗教传播，那唯一的办法就是自己创造一个宗教。
镇压弥勒教的同时，周士相秘令军部加大扶持罗教，并着手编修一部新的教义，加入他所认可的理念，并结合弥勒教那种一神教的传教优点，意图将罗教打造成为汉人的唯一宗教或是大教。
其中，侵略性和抱团性是周士相希望罗教能够具备的。因为他不希望自己死后，或者将来有一天，会有外来的宗教蔓延传入中国，导致严重的宗教问题。那么，在官府不作为或没有意识到宗教威胁时，罗教作为汉人的一神教能够战斗在反侵略宗教战斗的最前方，并且同样向外扩张，做到以彼之道还施彼身。
至于天主教，周士相现在需要的仅仅是他们的协助。毕竟，天主教的传教士不全是神棍，很多都是优秀的科学人才。而现在，周士相最缺的就是人才。几十年战乱下来，汉族人口的大规模锐减同样导致优秀科学人才的缺失。
南怀仁就是一个优秀的造炮专家，周士相相信，有了他的帮助，再有程汉斌和他手下军械局的努力，自己已经给出大致方案和构思的开花大炮很快就能面世。那样，无疑是宰割鞑子的利器。
接见南怀仁的第二天，又一个从北方来的人被带到了周士相面前。
这个人的来头比南怀仁还要大，因为他是现任衍圣公孔兴燮的弟弟孔兴贞。
孔兴贞带来了他哥哥孔兴燮的亲笔信，信中，孔兴燮如一条摇尾乞欢的狗一样，向周士相表达了曲阜孔府对大明朝和他齐王殿下的支持。换言之，孔兴燮在大清朝还没有灭亡的前夕，再一次做出了很明智的决定，那就是提前倒明。
如果没有意外，周士相会如历史上任何一个朝代一样，笑纳孔家人的投诚，然后将他们高高捧起，做为读书人的象征和表率。
只是，这一次，孔家人失算了，因为周士相对他们深恶痛绝。在他看来，曲阜孔府根本不是什么大成先师的继承者，也不是什么天下读书人的表率，完全就是一帮没有骨头，没有气节的汉奸杂种。
“孔老二的后人是一狗不如一狗了。”
周士相对徐应元如此说道，这话让徐应元很是愕然，因为从来没有人敢说大成至圣先师孔子是孔老二。这个称呼若是传了出去，周士相肯定会成为天下读书人的公敌。
周士相根本不理会徐应元的震惊，他笑道：“说孔家人是狗，还是抬举了他们。真正的好狗，主人有难了，总会叫上几声，甚至还能殉主，可孔家这条狗，主人有难就立即转投新主。谁给他骨头吃，他就认谁是主人，所以，说他们是狗，真是有点贬低狗了。”
“咳咳”
徐应元险些呛出声了，他吓得一句话也不敢说。
周士相摇了摇头，一边将南都传来的顾炎武遭到以黄宗羲为首的南都官绅反对的情报扔到案头，一边道：“为什么这世上总有人以为离了读书人，离了那些士绅老爷，天就要塌了呢？我看，没有这些饱读诗书的士绅老爷，咱们大明朝的天还是好好的。我早说过，驱逐鞑虏、恢复中华是要流血，是要死人的，不是请客吃饭，谁来就认谁的。既然这些官绅老爷们总是以为天下离不得自己，不愿承认他们的过失，不愿承认他们的落后，那么就来一次彻底的革新吧。
这一回，不但科举要改革，朝堂要改革，就是孔老二也一并革掉！”
“儒学初起之时，天下的学问多了去，道、墨、法、名、兵、阴阳、纵横、杂、农等等，大家平起平坐，百花争鸣，谁对国家有利，君主便听谁的，这就很好。可为何最后独尊儒家了？这儒家有什么好？”
徐应元张着嘴巴，不知如何接周士相的话。他也是儒生，大帅也是儒生。可听大帅的话，却是要反儒了，甚至要将曲阜孔府连根拔起，转换新学，这，实在是耸人听闻，让他脑子根本转不过来。
“还不是儒家最听话！”
周士相一拍桌子，“儒家兴旺，孔家发达，曲阜孔家，不得了，哪个帝王不给个三分薄面？刘家、司马家、杨家、李家都没少封赏，到了宋朝赵家坐皇座的时候，可劲儿拍孔家马屁，不但封了孔家人为衍圣公，还修了曲阜孔府。按说这孔家本属华夏正宗，儒家也是华夏，孔丘自己也曾讲过“华夷之辨”，况且这华夏的帝王官民对孔家着实不错，这孔府总该心向华夏矢志不移了吧？可事实呢？”
周士相冷冷一笑：“孔家后人都是识时务的俊杰啊，赵宋对孔府掏心掏肺的，可孔府却没想吊死在赵宋这棵树上。赵宋被完颜家打到南边去了后，孔府立即派出孔端操向大金表中心，受封衍圣公。虽说这金夷的奶有股子膻味，那也是娘啊！”
“居处恭，执事敬，与人忠。虽处夷狄，不可弃也。”
徐应元一怔，大帅说的这句话是正是孔圣所言。不过很快周士相又说了一句：“我则异于是，无可无不可。真是可笑，孔丘叫人家做的，他自己不做，这话什么意思，还不是谁给骨头谁就是主人，管他是人还是畜生。”
徐应元有些无语，但细一想，大帅说的也不是没有道理。当年蒙古兴起灭了金朝，曲阜孔府立即在衍圣公孔元用的率领下大义凛然地倒向了忽必烈，为表耿耿赤子之心，孔元用亲率族人加入元军，清剿汉人“反贼”，结果“不幸”死在军中。
孔元用死后，孔元措一系乘机夺权，孔家内部为了衍圣公称号展开了争夺，持续数代。最后，元仁宗判孔元措一系为正溯，孔元用一系彻底败北。呜乎哀哉！可怜孔元用为忽必烈统一大业流尽了最后一滴狗血，他的后人却惨遭蒙元排挤打压，真是没有天理。
“我当年读史，可是看得明白。孔府为了取悦忽必烈，还派大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。堂堂华夏“圣学”，竟然请得一位双手沾满数千万汉人鲜血的酋首来做大宗师，这算个什么？”
“等太祖皇帝恢复中华，孔府再度倒戈，不过这也算归为正统了。要是没有孔胤植，我倒也无意说他孔府多少。可这孔胤植也忒是不要脸了些，此公本非孔府嫡传，却受封衍圣公，还先后被加太子太保和太子太傅，大明对他可谓是君恩如山。可李自成一入山东，离曲阜还远着呢，孔府就出朱示，令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。哪晓得这回换主急了点，没几天，大顺军跑了，来了满鞑子大军，这位衍圣公知错就改，即上，向清廷表忠心。接着，为响应满鞑发布的剃发令，孔胤植隆重举行了剃发仪式，恭设香案，宣读圣谕，令族人剃发。可于此同时，那满清大兵正在江阴、嘉定等地屠戮我江南千万不愿剃发的百姓！”
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