从这口气来看很明显指向郑贵妃。
皇上心想自已的爱妃怎么做出这等龌龊之事呢？神宗一时间恼羞成怒背着二只手绕着宫殿来回走了好几圈，然后停下转身对王日乾道：
“这是一件非常严重的大事变，叶向高身为首辅怎么没有处理？来人呀，给朕把叶向高捆了来”太监和内侍听了赶忙上前道：“陛下息怒，叶向高早有奏章如实上报。”神宗皇帝愣了一下：“朕怎么没有看到？他的奏章呢？拿过来让朕瞧瞧。”一个内侍应声退了去。没过多久，他就把叶向高的奏章双手呈了过来。神宗看后心情稍微平静了一些把奏章放到案了上：
“宣向高进宫见朕。”太监于是跑了出去。听说皇上要见他，叶向高毫无畏惧的进了宫来到神宗皇帝面前。神宗对他笑了笑：“请坐吧叶爱卿。”叶向高谢过坐在了神宗身边：
“不知陛下招臣进宫有何事相商呢？”神宗对他微微一笑：“你的奏章朕已经看了，你对此事有什么想法吗？说说吧？怎么处理这件事？”叶向高想了想建议皇帝将两方面的人都分别送往大理寺审问便可弄清实情。又劝神宗冷静处置，不必惊慌张扬，使宫廷内外惶惶不宁。神宗听了叶向高的话笑道：
“我们父子兄弟得以保全了。按你的办法处理，先不张扬。”
叶向高走后，神宗又把他的奏章从书案上拿起看了一遍大感奇才。第二天，叶向高又献策说：“王日乾的奏疏不宜发下，如果发出则上惊皇太后，下惊皇太子，郑贵妃，福王也会感到不安。应命令有司将奸人治罪，并且迅速确定福王明年春天去封国洛阳的日期，这样一来众人也无话可说，必定天下无事。”神宗这将完全相信了叶向高的话也按他的话办了。皇太子和福王各得相安。机智的叶向高这次可谓是一箭双雕。既平息了一场事变，又达到了让福王去封国的目的。
然而郑贵妃终究不会让儿子福王去洛阳，托辞说明年冬天是皇太后的七十寿辰，福王应留下来参加庆贺。神宗依其爱妃之意下令内阁宣布这一命令，叶向高接到皇上的命令却自作主张把神宗皇帝的命令留下不宣布，而请今年冬天预先举行庆贺皇太后的寿礼让福王如期去封国。神宗听说此事心里很是不爽，没想到叶向高竟然擅改他的命令。于是让太监到叶向高私宅胁迫他下达日前皇上的命令。太监进了宅子先是要了一壶水喝了二口然后一屁股坐到椅子上跷起二郎腿斜着眼：
“这次你可把皇上给惹急了？如若不从，皇上是要治你罪的。”叶向高只是一笑并没有屈从。笑着对太监道：“外廷纷纷传言陛下想借庆贺皇太后大寿为名留下福王，相约千人跪在宫门外请求福王去封国。今天如果真下达这道命令，人心更加疑惧，一定会相信王日乾的妖言，朝廷内外势必不能安宁。你回去如实把我的话告之陛下。后果我愿承担。”太监一时无语只好带人离开叶向高的私宅。回到神宗那里把话讲了，神宗无可奈何，只好顺从叶向高的意见让福王去封国洛阳。叶向高见福王去了洛阳，自已也写了一份辞职奏章告老回乡。
他并非不想留下来，只是觉得留下没有什么实际意义。与其徒有虚名，禄禄无为，不如避而远之落个清净，他想回到福清家乡过个安逸的日子。
叶向高虽志薄云天又能怎样呢？神宗在叶向高连续十多次奏请之后，允许他以少师兼太子太师退休，并给予嘉奖。叶向高在临行之前，还是向神宗表达了他最后一次忠心。他再一次谈到太子进学和官员空缺这两件他在任上时没有妥善解决的事情。但这次依然没有撼醒顽石般的神宗朱翊匀。这让叶向高非常失望，算了吧，归去来兮，故乡的山水无怨无悔地在等着远方的宦游人。
叶向高在故乡的田园山水中游冶休憩了六年。在山间水畔，他平息的心境偶而也会掀起一层涟漪，回头望北方的京师顿生无限感慨。数十年的宦海生涯使他无法割舍对政局的关注。对国运的忧虑。但底下头想一想，自已不是曾在那个漩涡中苦苦挣扎了多年么，结果又如何呢？看一眼身边无言的青山绿水，他驿动的心又渐渐平息。
明光宗继位后，曾下诏让他还朝，叶向高一再推辞，但无济于事。天启元年。已经六十二岁的叶向高回到阔别六年的北京，再一次被套上了鞍索。既然已经接任那就努力去做，这是叶向高的原则。上任之初他就给年轻的天启帝上了一份奏疏，劝戒他颁布诏旨要慎重，有什么事让内阁大臣们写好呈上以免滋生疑义。初登基的小皇帝朱常洛很听话表示接受叶向高的建议。
但是，好景不长，天启帝御极之初启用了一些贤能大臣。全国上下都为此兴奋了一阵子，以为太平盛世有望。然而既年轻又没读过什么书的小皇帝不能辩别忠奸。太监魏忠贤和皇帝的乳母客氏逐渐窃取权柄。二人诱导不懂事的小皇帝整日骑马射箭，耽于声乐，皇帝自已本是个喜欢木工活胜过任何事情的角色，所以朝政自然落一这批人手里。魏忠贤在朝廷重要部门安插好亲信，特别是阁臣中如顾秉谦，魏广微等人都仰魏忠贤的鼻息，甘心充当他的鹰爪。这些人把持内阁，排斥异已，使那些正直的朝臣纷纷遭迫害而去。
魏忠贤假传圣旨诏书杀害了不依附自已的司礼太监王安，任用另一个司礼太监王体乾和李永贞，石元邪等人为心腹于是更恣威福宫中内臣谁也不敢稍违他的意旨。
从此，阁臣的任免也由魏忠贤所操纵，叶向高在内阁被架空。
朝政已被魏忠贤为首的阉党把持，自已说的话在朝中已无份量，叶向高去意又生。他接二连三上疏要求罢官，天启帝犹豫之中还是拿不准主意，是让叶向高罢官回乡呢？还是让他继续留任呢？但魏忠贤一伙极力在皇帝面前鼓吹，天启皇帝只好充许叶向高辞官。叶向高一走，阉党大喜过望，大棒肆无忌惮地到处挥舞。朝中清明廉正之士无所依靠，东林党杨涟，左光斗等人先后惨遭凌辱杀戮，朝中善良正直之士为之一空。
天启八年，皇帝病逝，叶向高也于同月逝世，终年六十九岁。