大地之上，沉静一年之长的初号机再次启动，从WILLE的中心被神力所牵引，直冲云霄。
SEELE的基地位置在何处，父亲碇源堂给了真嗣答案。
那每夜悬于星空的月亮，正是SEELE的所在，也是真嗣的目标。
破开大气层，脱离地球之外，初号机的速度依旧没有降下来，最终落在月球上的时候，九台量产机在那里等着他的到来。
场景变换。
SEELE石碑中央，真嗣的身后站着张开巨口的初号机。
“人类之子啊，看看这地球，被白雪所覆盖，被饥寒所包围，被你的错误所伤害，现在，能拯救那些人的唯一办法，就是发动人类补完计划。”
丝毫不被言语所动，真嗣只为一个目的而来。
“把我的女儿，还给我！”
SEELE也没有拒绝真嗣的这个要求，想要执行人类补完计划，亚当胚胎在其中本来就是很重要的一环。
“那是自然。”
真嗣的紧握的手心突然出现一物，展开一看，是亚当胚胎。
“只不过它的存在是让你来进行人类补完计划的。”
真嗣嘲讽一笑。
“那试试啊！”
瞬间回到现实，一只手抓住身旁的量产机，用力之下将其头颅捏碎。
在被SEELE带入那里以后，量产机们趁机靠近初号机，想要和当初从真嗣的怀抱里面夺走零一样来挟持初号机。
“这种花招，第二次就没用了。”
SEELE也只是做一个尝试，剩下的八台量产机翅膀展开，手中拿出了朗基努斯长枪的仿制品。
这种能够穿透AT力场的东西，对EVA的威胁性极大。
天空之上，一台量产机瞬间冲刺下来，其余的七台紧跟在后，真嗣尝试将AT力场化成利刃扫射而出，比光速还快的剑气被量产机手中的朗基努斯仿制品无情击溃，不给真嗣任何机会。
后退几步，躲开正面一击，初号机以手为刀，将量产机右臂砍下，将其手中的朗基努斯长枪夺下。
接着，朗基努斯长枪贯穿后面的量产机身体，真嗣左手再次拿过一把朗基努斯长枪。
初号机手持两把朗基努斯长枪，对战六台量产机。
“初号机的力量竟然恐怖到这种程度。”
“不，这是驾驶员的实力，他现在压制着同步率。”
和当初的碇源堂一般，SEELE的设计几乎是没有漏洞，碇源堂是低估了真嗣的觉悟，SEELE是低估了真嗣的实力。
一己之力对战六台配置朗基努斯长枪的量产机，真嗣丝毫没有落于下风。
几分钟的时间内，又是一台量产机坠地。
SEELE见到即将落败，心中不禁焦急。
“动用十三号机！”
十三号机，EVA系列最后一台机器，搭载双插入栓系统，原本的目的是用来作为发动人类补完计划的另一个后手，然而现在，SEELE为了将初号机逼入绝境，只能提前动用它。
十三号机旁边，身穿黑色战斗服的白发少年手捂心脏。
渚薰。
与绫波丽同样诞生方式的他不过也是过复制品而已，继承了渚薰的心，没有渚薰的记忆，同样也不是当初的使徒，只是作为一个EVA的驾驶员存在。
而十三号机上，一边是他的插入栓系统，另一边是模拟插入插入栓系统。
这种做法也只能让十三号机动起来而已，想要发动人类补完计划，还是需要另外一个驾驶员的配合。
“十三号机，启动！”
熟悉的AT力场从远处传来的时候，真嗣出现了短暂的愣神。
“渚薰？！”
那个最后的使徒，与初号机融为一体的，走入了真嗣心之壁之中的男孩，如今重新出现在了真嗣面前。
“这里不是你应该来的地方，初号机驾驶员！”
“渚薰……”
声音与当初一模一样，只是没有那段时间的记忆，渚薰对真嗣的态度并不算很好。
十三号机手持两把朗基努斯长枪，发挥的力量也丝毫不比真嗣差，配合着其余的量产机，在他出现后，将初号机给压制了下来。
一个不慎，初号机右半部分身体被贯穿，真嗣一枪扫出，将量产机和十三号机逼退，捂住了右胸。
超高速自愈。
初号机的伤口以肉眼可见的速度恢复，然而那几台倒下了的量产机，也重新站了起来，两边的持续性战斗能力都很强，要是一直这么消耗的话，不知道得拖到什么时候。
“零。”
零在地球上面的状况还在恶化，等着真嗣将亚当胚胎带回去，真嗣被拖住，局面僵持，就是他输了。
再次负伤，初号机腾空而起，运用AT力场给自己加速，与量产机们拉开距离。
十三号机和量产机们紧随其后。
“我该怎么办。”
在宇宙真空环境中急速飞行，真嗣思索着一切可行的方案，不加大与初号机的同步率，就无法解决掉这些量产机，可要是同步率过高，就会产生同化现象，那就正中SEELE的下怀了。
同步率百分之三百。
依旧无法解决掉这些量产机。
同步率百分之三百五十。
将量产机击落，但它们马上又能恢复起来战斗。
同步率百分之三百九十九。
真嗣已经陷入绝境。
意识恍惚。
湖边。
树下的女子抱着真嗣。
“真嗣，你有什么梦想吗。”
真嗣手中握住树叶梗旋转着，观察着树叶上的花纹。
“没有。”
碇唯眼睛里面是微微起波澜的湖水和真嗣的身影。“那以后真嗣就和妈妈一起来保护这个世界好吗？”
“麻烦。”
虽然嘴巴上有些不乐意的感觉，但真嗣并没有拒绝。
碇唯的发言，在当时的真嗣听起来，是无比的中二的，真嗣也只是抱着随便应付碇唯的态度回答，但后面事情的发展，让真嗣知道，碇唯所说的一切，都是真的。
就连现在也是，碇唯一直与真嗣一起战斗，从来都没有离开过。
在真嗣即将步入四百同步率的时候，碇唯的声音在真嗣耳边响起。
“孩子，累了的话，就稍微休息下吧。”
……
初号机咆哮！深层次的意识觉醒，初号机身上的AT力场改变，身上的限制器被打开部分。
“觉醒？”
如果是觉醒的话，那么就可以立马利用量产机们来发动人类补完计划，但量产机没有行动，也就是说，这不是。
“不，是暴走。”
两把朗基努斯长枪同时掷出，刺穿十三号机器的身体，巨大的动能携带着十三号机的身体，将十三号机身体钉在了月球上面。
已经是空手的初号机，现在给到SEELE的压力，比起之前更大了。