沈阳的谈判陷入僵局之时，千里之外的大明京师，朱慈烺正在接见东印度公司的两个代表。
自从朝廷和东印度公司谈判，从东印度公司的是租借两艘大型三桅战舰和八艘小舰，大明预付了一部分的定金，同时准许东印度公司的商船，短时间之内在天津靠岸之后，大明和东印度公司的关系，渐渐亲密了起来，今日，随两个东印度公司的代表一起到京师的，还有六大船的粮米。
大明和东印度公司谈判，除了战舰，还和东印度公司签订了购买粮米的协议，东印度公司从印度，安南，乃至吕宋采购大米玉米，运至天津，大明用丝绸瓷器和茶叶进行交易，虽然这笔买卖算下来，东印度公司几乎很难获利，但因为大明为他们开了口子，准他们在广东直接交易，这么算起来，东印度还是有一定获利的，更不用说，和大明这么一个庞大国家通商，从长远看，对东印度公司绝对是重大的利好，这也是东印度公司会忍痛将战舰租借给大明的原因。
算上去年的两次，这已经是东印度公司第三次大规模的向大明运粮了。
在两个代表和六艘粮米之后，再有三五天的时间，第一艘三桅战舰和四艘小舰就会抵达天津。
两个代表是前导，一来是向大明交付粮米，请大明为接舰做好准备，二来也是向大明朝廷反应一些情况。
听完两个代表所说，朱慈烺愉快的心情，渐渐有点沉重起来。
东印度公司运来了粮米，第一艘三桅战舰也在途中，不日就可到达，这都是喜讯，但随着喜讯到达的，还有一个非常不好的消息。
一个月前，东印度公司的一艘商船在大明外海遭到海盗袭击，如果不是船员奋勇抵抗，用鸟铳进行还击，加上海风骤起，折断了海盗船的桅杆，说不定东印度公司的商船就被血洗了。
事后，东印度公司一口咬定，事件乃是大明福建总兵郑芝龙所为--虽然海盗最后逃窜了，东印度公司并没有找到确实的证据，但他们仍然坚定的相信，自己的判断是正确的，假扮海盗的，就是郑芝龙的人。
对东印度公司的判断，朱慈烺是相信的。
自从朝廷和东印度公司谈判，给东印度公司开了一个小口子，允他们的商船在天津和广州靠岸之后，各方都是得益者，唯有郑芝龙的利益受到了损害。过去，东印度公司没有办法和大明直接通商，所有的商业活动，不管是购买瓷器丝绸茶叶，还是向大明倾销香料，都需要通过郑芝龙，郑芝龙空手套白狼，左手转右手，每年不知道要赚多少银子，但自从东印度公司和大明朝廷达成协议，有了一部分的通商权之后，商业活动自然就不必再经过郑芝龙之手了，郑芝龙平白少了利益，自然不会愿意，以他海盗出身的脾气，派人假扮海盗，洗劫东印度公司的商船，给东印度公司一点颜色看看，是顺理成章的事情。
郑芝龙……虽然有京师觐见，朝廷加官进爵的安抚，但面对自身利益受损，他还是有点坐不住。
朱慈烺担心的，不是东印度公司受损，而是郑芝龙在背地里使坏，破坏朝廷的政策，继而挑战朝廷的权威，如果朝廷不能做出及时有效的反应，长期下去，会助长郑芝龙的嚣张气焰。
因为开封大胜和击退建虏入塞，原本渐渐抬头的军阀迹象，已经被压制住了，最有代表性的就是襄阳的左良玉，历史上，当到了崇祯十六年之时，开封之败后，左良玉对督抚们的命令，已经完全不当一回事，自主一方了。但今世因为朱慈烺的穿越，形势改变，从开封大胜到击退建虏入塞，朝廷重新竖起了威望，特别是击退建虏入塞，这是杨嗣昌和洪承畴都没有做到的事情，加上朝廷补发了粮饷，各地官兵对朝廷的命令，再不敢推三阻四。
左良玉安稳了，但郑芝龙现在却是一个麻烦，和左良玉不同，郑芝龙依仗的是水军，在茫茫大海之上，郑芝龙才是真正的皇帝，如果他愿意，他绝对可以阻断东印度公司和大明的通商之路，而朝廷拿他莫何，只不过顾忌朝廷，他不敢公开反对，只敢在私下里做一些小动作。
东印度公司的两个代表说的明白，如果大明朝廷不能制止约束郑芝龙，保障东印度公司的商船在大明海域的安全，那么，东印度公司就无法保证按期履行他们对大明的承诺，包括运送粮米和租借战舰。
接见结束之后，朱慈烺静思了一会，对唐亮道：“让施琅来见我。”
施琅到京师已经有一段时间了，朱慈烺也已经见过他一次了。
施琅今年刚二十二岁，长的甚是健壮，虽然五官普通，但长胳膊长腿，是一个练武的好架子，初见到太子时，他非常惶恐，跪在地上久久不动，太子问话，他也是小心翼翼地回答，直到后来，太子问道水师的一些操练，他才渐渐放松了下来，就自己所知，倾囊告诉太子。
不得不说，施琅真是一个水军的天才，虽然才二十多岁，但在海上已经漂泊了六七年，各种水军战术，信口拈来，加上颇有战术眼光，对兵法有相当的见识，刚毅果断，这样的人后来能统兵战胜台湾水军，完全在情理之中。
半个小时的交谈，朱慈烺已经知道，施琅并非是一个天生的反叛者--而只是一个急于想要出人头地的年轻人，谁赏识他，拔擢他，他就会效忠于谁。
照历史记载，在郑成功麾下时，因为恃才傲物，数次对郑成功的战术提出异议和反对，引的郑成功不快，施琅被剥去了兵权，最初，施琅也曾竭力表现，想要讨得郑成功的欢心，重获兵权。但郑成功却始终不给他带兵的机会，只赏赐他金银，施琅闷闷不乐，而最终的导火索，乃是因为他的一个亲随，眼见跟着他没有前途，就悄悄投到了郑成功的帐下，施琅大怒，将其捉回斩首。
郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，于是将他全家都捉了起来，但施琅却在部将的帮助下，在押解过程中逃走了。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，便把其父施大宣、其弟施显处斩。
此后，施琅走投无路，投靠清朝，并一心与郑成功为敌。
对此一事件来说，郑成功和施琅都有责任，而最大的原因就是两人性格不合，郑成功性刚烈，不能容人，施琅又太有个性，两人在一次，迟早要迸溅出火花，从恩人变成仇人，这也是朱慈烺要将施琅调到京师的原因，另一个原因当然是为建立中央水师做人才储备。
前番议事之后，朱慈烺令施琅到京营，挑选一批会游泳，能做水军的士兵。
施琅听罢大喜，原本，他对自己被招到京师，心中是很忐忑的，不明白太子殿下为什么要召自己？现在才明白，太子殿下这是要建水军啊，而他作为选兵之人，日在在新成立的水师之中，必然会有一席之地--跟随其叔施福在郑家水师中干了七八年，老实说，他对自己的官位和待遇，是很不满意，现在被太子殿下看上，何愁未来没有前途？
所以他如何能不喜？
授命之后，施琅就到京营中去忙了。
据回报，施琅这个人虽然性子高傲，说话难听，但做事却一丝不苟，非常认真。
人的各种好习惯中，朱慈烺始终认为，认真两字最难得。
施琅很快就到了，见到太子，立刻下跪请罪。
太子殿下令他到京营选兵，到现在为止，他不过才选出了三百人，北方人多是旱鸭子，不习水，要从北方兵员中挑选水兵，实在是困难。
朱慈烺微微笑，令他起身，说今日叫他来，不为招兵之事，关于水兵招募，他已经派京营参将董琦到广东了，两到三个月，就可以招到一批熟悉水性的南方兵，到时再交给他操练。施琅惶恐又喜悦，朱慈烺又问起他生活情况，起居还习惯否？施琅更是感激，眼眶都红了，连连谢恩--现在施琅的头衔是京营的一个把总，享受京营待遇，但日常不用接受京营操练，每日只带着选出来的三百人练习水军的一些基本。
朱慈烺听罢微微点头，沉思了一下，缓缓道：“今日叫你来，其实没什么事，只是想聊一下泉州水师……”
“殿下但问，臣知无不言。”施琅并非是郑氏亲信，对泉州水师没有什么好顾忌的，再者，问话的是太子，未来的皇帝陛下，给他两个胆子，他也不敢欺君。
朱慈烺以泉州水师为引子，两句话之后，就转到了郑芝龙的个人身上。
自从在京营成立军情司，朱慈烺就定下了两个重点区域，一个是了辽东宁远，另一个是陕西，这两地分别对应建虏和流贼，两个重点之下，是需要重视的几个地区，首先是京师，但现在已经撤，第二是左良玉的襄阳，第三就是郑芝龙所在的泉州，因为有历史上的不好记录，朱慈烺对这两个军镇一直都抱持戒心，军情司在这两个地方展开，收集情报，就是预防左良玉和郑芝龙两人作出对国家不利的事情。
但军情司毕竟成立时间不长，但现在满打满算才一年，作为重点的陕西还好，其他几个地区的谍报，都只是刚刚铺开，只能了解上报地方上的一些简单情况，尚无法切入郑芝龙的核心，因此对泉州水师和郑芝龙个人，朱慈烺还有很多的不了解--虽然有历史参照，但历史记载的都是大事，小事鲜有记载，更何况，谁又能保证，历史记载都是正确呢？
上一次，郑芝龙进京时，朱慈烺曾经仔细观察，发现郑芝龙表面惶恐，对朝廷恭恭敬敬，但其实内心却自有主见，任何事情都会先在心里用盘算打上几遍，觉得合适了才会做。说他是一个海盗，倒不如说他是一个商人。
如果从商人的角度切入，只要给他足够的利益，他自然就会听从朝廷的命令，但朱慈烺知道，郑芝龙这个人，怕没有表面上这么简单--白手起家，最后建立起一个庞大的海上帝国，这样的人，又怎会没有一些手腕和本事？
再者，朝廷和东印度公司往来，已经动到了郑芝龙的利益，虽然朱慈烺百分百的知道，郑芝龙绝不敢公开反对朝廷。假扮海盗，洗劫东印度公司的商船，不过就是在泄愤。但郑芝龙的泄愤，却威胁到了朝廷和东印度公司的合作，甚至是影响到了朱慈烺逆转历史的大计，因此必须尽速化解，不然拖延下去，郑芝龙真的血洗了东印度公司的商船，造成不可挽回的影响，那就后悔莫及了。
如果是一个直男，首先想到的办法自然是朝廷下旨，严厉训斥郑芝龙，令其不得再打东印度公司商船的主意，破坏朝廷的大计。
但郑芝龙的人假扮海盗，试图洗劫东印度公司商船的事情，现场没有留下任何证据，只要郑芝龙矢口否认，朝廷就奈他莫何，就算是在朝廷的严旨之下，他暂时收敛，但难保以后不会再出幺蛾子，因此，只靠圣旨是不行的。
为了大明海域的安宁，为了和东印度的长期合作，保证粮米的输入，朱慈烺必须想办法令郑芝龙明白，东印度公司的船，他是不能碰的，朝廷的大计，更是他不可以反对的，只要他能忍了东印度公司，未来必有更大的利益等着他，如果他一味强干，他郑家的基业，说不得就会烟消云散。
但这种威胁的话，不能由朝廷来说，而是要让郑芝龙自己明白，并悄悄收手。
朱慈烺可不希望，自己犯下郑成功历史上的错误，将施琅推到敌方阵营里。
施琅在郑氏水军六七年，其叔施福又是郑芝龙的中军心腹，对郑芝龙的了解，一定超过常人，因此朱慈烺想要通过施琅，对郑芝龙有更进一步的了解。