在所有的部署都进入正轨之后，孔驰对用电报向所有的部队发了明码电报，正式编练新军，改编军队。
在原先的五个团的基础上，又增加了十个团的编制，并且合并为五个师，每个师所辖三个团和一个炮兵营，一个整编的骑兵连，并且将参谋制度正式的建立起来，并且将政教员改称政治委员，成立专门的政训处，处长有孔驰亲自担任。
所有的政治委员都是由孔驰在军中亲自挑选，亲自培训，全是忠诚，家业和家人与孔驰的命运息息相关的人物，包括一部分“孔大少爷”的亲属，亲兵，长工，佃户，以及投降过来的一部分清朝官吏。
政训处组织建立在连上，设立政治委员制度，每个排有政治小组，班有基本的政训员；营、团以上有政治委员会，全军连级以上的政治委员全部由由孔驰直接领导，在整个军队确立了“政训处指挥每个士兵”的原则。
在基层连队建立士兵委员会的制度，由班长作为最基本的政训员，随即，部队开始整编。
这基本上就是孔驰军队的组织开端。随后，由孔驰所确立的建军原则，在整合佟国威、吴良才等人的投降清军武装、原先五个团的正规军队，在花桓县新招的新军部队总共近四万人组成了孔驰的手中的新部队。
正式成立了五个师的直属正规军，和一个师的宿卫力量，负责守卫大城市。
大帅（军长）孔驰参谋长：胡林副参谋长：佟国威后勤装备处长：孙旺
五个正规师的编制如下：
第一团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上一部分原先的民兵组成。
师长：孔全副师长：李海参谋长：李东海师政委：孔东来（孔驰的堂弟）
下辖一团团长：张义副团长：郝顺政委：张万龙（孔驰亲兵出身，张大锤的小儿子）
二团团长：王贺副团长：江波政委：高迎路（亲兵）
三团团长：赵栋副团长：钱海政委：万异才（亲兵）
第二团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上一部分原先的军警组成。
师长：张仇副师长：周校参谋长：佟玉秀师政委：孔义（孔驰的堂弟）
下辖一团团长：郝东楼副团长：李义全政委：包理会（孔驰亲兵出身）
二团团长：卢明远副团长：罗达政委：罗玉江（亲兵）
三团团长：钱万顺副团长：林罗威政委：郑开印（亲兵）
第三团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，再加上三千新兵组成。
师长：耿石副师长：刘喜奎参谋长：朱显华师政委：孙运志
一团长：田大榜二团长：龙大海三团长：万喜（原军医队队长）
第四团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，加上三千新兵组成。
师长：孙喜副师长：王东（原炮兵一营营长）参谋长：谢泽昊师政委：魏昌齐（孔驰的亲兵）
一团长：朱万能二团长：崔茂友三团长：凌世友
独立团，取消原本的番号和旗号，合并一部分清军精锐降卒，加上三千新兵组成。
师长：李东光副师长：徐晋参谋长：王喜奎师政委：李顺波（孔驰的亲兵）
一团长：周金水二团长：凌涛三团长：莫怀义
军警卫宿师：师长：钱华副师长：李立高参谋长：朱宝义（只是个名号，代表和天地会合作）
最后，孔驰还成立了一个情报部门，叫蓝衣情报处，处长由徐媛媛担任，当然也执行一部分暗杀和刺杀的活动。
孔家军正式改编后，连以上的部队都设立了政治委员会。
政治委员会的任务主要有四项：一是参加军队管理；二是维持军队纪律；三是监督军队经济；四是作士兵政治教育工作（主要是忠诚对象的教育）。
在军队中建立政治委员会，让孔驰对于军队的管理更加的高效，以防止很多将领掌权久了做大。
在军队中实行政治委员的制度，实质上就是为了加强政训处对军队的整合，有效实现孔驰对军队绝对领导。同时，特别注意了在班长、士兵中发展政训员，这样就和士兵的联系便更加紧密了，大大加强了政治教育工作。
等一众军官结束培训出来以后就会发现，整个军队大变样，但是他们的作战效率更高，一些在军中上下其手的军官此时也没有办法了。
这次军队的改编虽然很匆忙，但是却是孔驰对后来发展的一个重要的步骤，幸好此时部队的规模还算不上是很大，孔驰所占的地盘也不多，人力物力资源基本上能够自足，部队也没有出现军心不齐，士兵哗变的现象，但是孔驰认为自己做的一切都是应该的，如果不未雨绸缪，等到军队突变了以后，他能不能在这个时空立足还很难说。
整编后的军队无论是政治上，还是士兵的思想上面都有了很大的改变。
但是政训处的作用远远不及于此，在军事整编的同时，孔驰取消了钱华作为区长的职务，将他调入了卫宿部队，就是为了在政权的组织上也要牢牢掌控。
当军队改编结束以后，在这个即将到达的新年前几夜，政治改编也开始了，其实孔驰手中的政治委员大约有五百多名，军队只是占了一半，还有近两百人没有立即分配。
这些人确实孔驰作为巩固占领区的政权组织力量，他决定有条件的开放一些职位让仕绅和以前的官吏加入，但是完全要按照他的意愿来行事。
现在只占了三个府，十来个县，但是此时新占领的地方极其不稳，需要大量的保甲来巩固乡村的统治，但是对于数百个乡村来说，保甲制度现在已经不怎么实用，是该整合乡村力量的时候了。
他可以在城市中将管理权让给一部分仕绅官吏，这也是为了避免直接激化矛盾，但是在乡村，必须要按孔驰的意愿行事，孔驰不介意再次大开杀戒。
反正这么多新兵的土地还没有着落，这也是孔驰兑现的承诺之一，他现在就等着一些人跳出来了。
接着孔驰利用新年前的时间，叫孙旺组织了大约三千左右的新民兵加上军警部队，配合着选出来的基层政训员浩浩荡荡的开进了各个乡村，在准备在乡村建立基层的政权组织，同时要发展乡村政训员，采用半军事化的管理，强行取得乡村的统治权，以后的事情再慢慢来吧。
做完这些事情，又花去了好几天的时间，效果要等一段时间才能看到，孔驰准备回现代了，毕竟要过年了，自己离家近一年，没有好好看过父母了，而且他也要在年后规划一下自己在现时空的发展方向，顺便带李婷这个准儿媳回家看看，解决父母的担心。
另外，花桓县的家也要回去一趟了，那毕竟是自己在这个时空的归宿，想必两个美人对自己已经非常想念了吧，要不要把徐媛媛带回去一起呢？孔驰此时脑子混乱了！