虽然孔驰整合了一些清军的俘虏和地方的农民组成了一只有点战斗力的杂牌军队，并在军队中立用了大量的私人作为自己军队的骨干，这个在起家的初期是十分必要的，但是孔驰的部队在半年内飞速的扩大，而孔驰一般的影响力只能扩充的团和营一级。虽然任命了团副和营副之内的职务，但是那只是权宜之计。
由于整个军队没有思想，没有基本的政治理念，只是在孔驰大量的军饷和优厚的待遇下形成了初步的封建式的忠诚，就和袁大帅一般，一手拿枪，一手拿银元。
孔驰由于现实的原因，并没有设立一个能够影响的全军思想的组织，更不要说建立了完善的现代军队制度，军队没有荣誉，基本的政治工作更没有群众基础。
其实很多士兵此时都是把孔驰当成山大王一般的角色，比宗族的控制稍微高明了那么一点点。
连一级没有孔驰自己的嫡系人员组织，就难以直接掌握士兵，团一级即使设了自己现在的亲信也难以掌握部队。可以说，此时的孔家军经不起大的败仗，一旦打了大败仗，很快军队就会分崩离析，被其他的有心人所取代。
这些问题不仅存在于新编的部队中，在孔驰所谓的嫡系一团的士兵中也普遍存在这种情况。而且从现在的战争中就可以看出，如果现在部队伤亡大了一些，士兵士气就低落，虽然不至于逃跑，但是基层的部队军阀习气很严重。
此时，部队还没有建立基层政教员，孔驰不能切实掌握部队；雇佣军队的影响还严重存在；如果连续行军，斗争艰苦，很多意志不坚定的人开始动摇。孙喜和耿石的部队就在某些程度上出现了这种情况，也不怪两人对孔驰不忠诚，但是部队的埋怨绝对是主要的原因之一。
在这种情况下，如果不改进部队存在的问题，不加强孔驰对军队的控制，不仅难以适应艰苦的环境，而且无法完成艰巨的攻城任务。为了巩固这支新生的杂牌军队，适应今后抢地盘的需要，孔驰在收到孙喜部队消息的当天晚上，就召集了李东光和胡林两人，决定对现有的部队进行整顿和改编。
一月二十四日，孔驰召集了胡林，孔全，张仇，李东光四人在孔驰居住的辰州府衙门召开了孔家军建军以来的第一次思想整顿大会。孔驰首先分析了所有农民起义失败的原因在于上层对于互层部队的掌握过于薄弱，而且根本不注重士兵的思想教育。提出了“基层政教员派到连队”的主张，此时担任独立团团长李东光提出一些异疑，孔全和张仇俩人也随声附和，都小心的否定了士兵的思想问题，认为士兵有了思想，就不会那么听话，影响指挥。孔驰皱了皱眉，这就是小农思想缚住了众人的思维，难得耐心的作解释。
最后举出第一次国“戚家军”在保卫明朝的时候做出的重大贡献，,戚家军赖以成名的,是严明的军纪,职业化的训练水平,东亚最先进的装备,百战百胜的战绩和高达十余万级的斩级记录。戚家军百战不败的原因在于戚继光的治军思想极为先进,有当时东亚最先进的武器装备,建立在严格甚至是严酷的军法上:如果作战不力而战败,主将战死,所有偏将斩首;偏将战死,手下所有千总斩首;千总战死,手下所有百总斩首;百总战死,手下所有旗总斩首;旗总战死,手下队长斩首,队长战死,而手下士兵没有斩获,十名士兵全部斩首.斩级的赏赐也颇丰,每一级赏银40两!这样每个士兵都会全力作战,一直战斗到获胜或是战死。
戚家军的纪律严明也是闻名天下,但凡出征时有扰民行为的一律斩首示众,所以戚家军无论在哪里作战都能够获得当地百姓的支持,就连少数民族都愿意为之誓死效命,这样的军队无论哪个封建王朝都是没有的。
戚继光的侄子戚金，在戚继光去世后统帅戚家军余部与**哈赤的后金军在浑河战役中血战大凌河，以数千火枪兵击毙满清两白旗两黄旗精锐上万人。所以戚家军论战力是远胜于冷兵器的八旗军的。
这才是为什么戚家军能百战百胜的重要原因。
这个话题在屋内的马灯添了五次的灯油的情况下，一直讨论到天亮。
最后，孔驰难得的一次谈心，说服了在众的所有人，他们对孔驰的的敬畏又加上了一层。
第二天清早(也就是一月二十五日），孔驰召集了在辰州府驻扎的数千军队在临时的校场下集合了，还有一部分投诚的满清军队。
孔驰拿着一个简易的扩音喇叭，站在临时搭建的高台上，站出来讲话，首先鼓舞士气说：“弟兄们！咱们这一仗赢了！赢得漂亮！”在部队军官的带领下，全部都鼓起了热烈的掌声，接着全部都欢呼了起来！
孔驰接着手一按，全场慢慢的安静了下来。
“这些日子中，咱们虽然消灭了不少的敌人，但是也牺牲的不少的弟兄，但是你们怕么！”
孔驰振臂大声的一吼，
“你们怕么？”
“不怕！”
“怕个球，老子的枪更快！”
“我一人就杀了好几个，难得这么痛快！”
士兵们纷纷攘攘，士气顿时高昂了起来。
“对，敌人只是比我们人多，没什么了不起，大家都是娘生的，敌人有两只脚，我们也有两只脚。我起家的时候，枪十数杆，人十几个，现在手下都有近两万人了，两万人，兄弟们你们身后有两万袍泽和你们在一起，大家跟着我孔驰，一个人可以当敌人10个，10个战士可以当敌人100个，有什么可怕的！”继续煽动中。
“对，大帅好样的，跟着大帅有饭吃！”
“跟着大帅过好日子！”
“升官发财！”
在士兵们的热闹议论快要结束的时候，几十个亲兵抬着一块巨大的黑色木板上来了，顶上系着一大束白花，上面密密麻麻的写满了名字，都是此次失去的士兵的名字。
孔驰接着发话了，但是这时候却不是大声的呼喊，而是唱起了一首大家都没有听过的歌，后边还有十几个亲兵拿着铁皮喇叭伴奏：
“流血的伤口不流泪！举旗的杆子不下跪！攥紧的拳头不松手！过河的卒子不后退！
人活一口气！难得拼一回！生死路一条！聚散酒一杯！
何以成败论英雄！浩浩乾坤立丰碑！”
没有抑扬顿挫，只有大声的嘶吼，但是底下的士兵此时都跟着吼了起来，唱着唱着，孔驰竟然流下了眼泪，士兵们也纷纷受到了感染，许多士兵的嗓音都嘶哑了，像是哭了。
“为牺牲的弟兄们敬礼！”孔驰首先举起了手，对着木板后边的亲兵此时也整齐划一举起了手臂，下面的士兵此时跟着举起手来，场面一时间竟然沉默了下来，只是许多人脸上都留下了眼泪，原本欢庆的气氛不再。
“这些死去了弟兄，我孔驰不会忘记他们的，每人家里分田二十亩，三十两银子，家属拥有军属待遇，我要让你们知道，就算你们死了，也是光荣的，你的家人也会享福，也会过好日子！”孔驰擦干了脸上的眼泪，激动的声音竟然有些沙哑。
“谢大帅，大帅恩德我等铭记在心！”士兵们在军官的带领下纷纷下跪，对着孔驰大声的发誓。
“都给我站起来！”孔驰突然愤怒的大声嘶吼。
士兵们习惯了命令，纷纷直起了身子，虽然不解，但是此时没有一个人发出异议。
“我孔驰把你们当兄弟，不是来让你们当奴才的，刚才唱的东西都忘了吗？你们跟着我，都是举起了杆子的人了，以后除了父母，没人能让你们下跪，因为你们是我孔驰的兵！”
士兵们此时神色激动，嘴巴嗫喏着，但是都没有说话。
“你们对我忠诚吗！”见场面安静了下来，孔驰突然大声的问了一句。
“我们忠诚于大帅。”没有军官的带头，此时士兵的话却是一样的整齐。
“你们心头难受吗，有话想对我说吗？”孔驰很满意士兵们的回答，但是接下来才是最重要的事情。
“有！"所有士兵都整齐的回答了孔驰的话。
“好！”孔驰先是大赞了一声。
“所有人都有话对我说，但是我只有两个耳朵一个嘴巴，你们的话我听不完哪！也不可能割下来放到你们嘴边不是？”孔驰突然说出了一个冷笑话。
“哈哈哈！”底下的士兵此时都纷纷笑了出来。
“所以，我设立了许多个耳朵，你们想不想要啊！”孔驰看着下边士兵的情绪，引动着气氛。
“想！”整齐的声浪传到了台子上，让孔驰的耳朵差点受不了。
“好，我将在每个连队派遣一个我的亲兵，作为我的耳朵，你们又什么苦水就像他倒，家里有什么困难就和他说，个人被军官欺负了，也可以向他举报，但是他不时宪兵，不会随意处置你们，他是我的耳朵，能让我听见你们说的话，大家说好不好啊！”孔驰的目的都说出来了，着急的看着下面士兵的反应。
下面顿时没了声音，还能举报自己的长官，那不是要造反么，很多士兵都闭着嘴不发声，此时一个班长打扮的士兵站了出来，大声的吼道，“大帅，我们排长昨天抽了我一顿，现在屁股还疼着呢，能举报吗？”
此时全场鸦雀无声，齐刷刷的看着孔驰，士兵们都望着他，眼光里全是茫然。
“当然！前提是你没有犯军法军规！如果你们排长错了，老子就关他禁闭，要是你小子错了，就和他一起去！”孔驰却是做好了准备，直接对着这个士兵吼道。
“那，那我还是和排长一起去吧！”那个班长尴尬的摸了摸头，小声的说到。
”哈哈哈“地下的一众士兵全部纷纷笑了起来，只有那个班长旁边的一个排长瞪着他，你小子还敢当面告刁状，在训练的时候老子不给你点颜色看看。
“好了，看你的样子是犯错了，犯错了就该罚，但是你关三天，你的排长关半天，你服不服！”孔驰对着这个班长发话了。
“服，当然服了！”这小子一脸的喜色，仿佛让自己的排长只关了半天禁闭也是一件大喜事。
这下士兵们都相信了孔驰的话，只有许多的军官脸上漏出了苦涩，这兵以后还管得了吗？
“当然，我还要强调一下咱们的军规，要是你犯了错，该罚还是要罚的，就是找我的耳朵，也就是以后的政教员也没有用！”孔驰收起了笑容，面色一整。
“一、无条件服从。军人的第一件事情就是学会服从。服从指挥，服从长官，你们以后要将服从变成一种习惯，军队不是菜市场，没有讨价还价的余地。若是抗命，轻则关禁闭，重则当场枪毙！
二、要忠诚，你们要忠诚于我，忠诚于军队，凡是在军中扰乱军心，拉帮结派者，枪毙！
三、要有军人的荣誉，在军中不得撒谎、欺骗和行窃，也不能容忍他人有上述行为！轻则关禁闭，重则当场枪毙！
四、受人欢迎，你们出去以后代表的是整个军队的形象，军人不是一个让人敬而远之的角色，相反是在需要时，能为大家提供帮助的人；尤其是对所辖地区的老百姓，不的私自拿群众的一丝财物，战场缴获要归公。违反者，枪毙！
五、要善于合作，一个犯错众人担：军队是一个整体，一个人犯错，也会导致整个军事行动失败，所以一个人犯错，全班都要一起受罚。
六、要敢于冒险，勇敢的面对危险，就算是前面是刀山，如果需要，你也要趟过去，在我的军队里，没有”不行“两个字。
七、决不能推卸责任，若是自己犯错，要主动承担，要是推卸责任，轻则禁闭，重则枪毙。”
“以上的七条军规你们要牢牢的记住，这是根本！”
“是！”听完杀气腾腾的七条，此时的许多士兵都后怕不已，虽然经过了大规模的训练，但是军官的体罚都不是很重，只是战场上的条令要严格的多，但是都没有孔驰宣布的这么直接。
两天后孙喜和耿石的两人带着一部分军官此时也到了辰州府，孔驰让人和他们解说了一下这几天发生的事情，孙喜和耿石头上都冒出了冷汗，但是孔驰并没有怪罪他们，只是发了一本新的军规小册子让他们带回部队后学习。
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