洪武二十七年六月，经过半年的筹划，东宫内厂悄然成立，并布置下第一个任务，就是清查六科给事中、十三道御史、监察御史这批官员中，到底都属于哪个阵营，因为这些人平时都挂着左右副都御史之类的头衔巡抚四方，常年在外，等于是朱元璋了解民情的耳目。
这些耳目一旦被人操纵的话，对于东宫是十分不利的行为，从都察院监察御史袁泰弹劾六艺书院和刘三吾的事情上可以看出，在朝中的势力已经分散，各自为政了。
这次东宫的动作虽然隐蔽，但是所动用的人也不少，为了方便做事，启用了大量原锦衣卫的成员，虽然朱允炆没有指望瞒过老朱，但是在这年发生的一件事情，却帮了他的大忙。
强悍的朱元璋，在自己六十六岁高龄的时候，前年刚收入宫中的李贤妃又为其诞下一子，取名朱楠，是为朱元璋的底二十六个儿子。
虽然此时朱元璋已经是子孙颇众，但老来得子，仍然是欣喜异常，不但大加赏赐李贤妃，同时为天下同贺、与民偕乐，以宣扬其强劲的生育能力和那颗未老的心。遂令工部建十楼于江东诸门外，令民设酒肆于其间，以接四方宾旅。其楼有鹤鸣、醉仙、讴歌、鼓腹、来宾、重泽等名。不久，又诏令增建五楼。
但是与民未同乐，楼也未建成。朱楠出生不到百日，便突然患病暴毙，就在朱元璋这一喜一悲之间，内厂的建立虽然落入了其耳中，但是也未曾放在心中。
可能是朱楠的暴毙让他感觉到生命的脆弱吧，反正朱允炆入宫侍驾御书房的时候，发现朱元璋比之刚刚老年得子的时候，仿佛苍老了很多。
不堪重负的模样，诏命皇太孙朱允炆入主三法司，也就是大理寺与刑部、都察院的合称，让其断刑狱之事，非谋反之罪，但凡四品一下官员的刑罚，皆交与皇太孙署理、裁决。同时主持修订《大明律》。这样以来，朱允炆手中权势陡然增加，一时间朝中大哗。
其实，在洪武二十六年皇太孙回到京师之后，一直被皇上所压制。虽然未曾明言，但是朝中大小官员都是眼睁睁的看着，皇太孙江南一行，等于无劳而返，不但由于本身的莽撞触怒了皇上，使皇上不顾龙兴之地的发展，将临濠之江南富户尽数迁往辽东。而且将皇太孙任命之吴雪凡迁任于琼州蛮荒之地。
后来蒋瓛坐事入狱，锦衣卫本来是交与皇太孙署理，但是皇上又废除锦衣卫特权，听闻燕王府向东宫要江南富户后裔，东宫前景一片惨淡。正当群臣以为皇上别有心思，说不定是想另立储君的时候，却出了这么一档子事。
明镜般的时局被皇上的一纸诏命全部打乱，原本和诸王暗通消息的百官，此刻又开始犹豫起来。
百官本来大都是投机之人，否则也不会有御史袁泰弹劾属于皇太孙的六艺书院。但是看到如此情况，不少官员又收回了那份不安分的心思，开始静观其变。
此时，纵然有人知道东宫内厂的些许事情，但是在前景不明的情况下，谁还会自讨没趣，那不是要承受来自东宫的怒火吗？被锦衣卫吓的有后遗症的官员如是想。
所以内厂的发展颇为顺利，由张定边提供张士诚所遗宝藏作为后盾，内厂编制迅速的扩充至三千人左右，由于时间仓促，所以大部分还是启用锦衣卫原来的成员，也正所谓是换汤不换药，锦衣卫换了个名字，却成为了东宫的嫡系。
这可能也是朱元璋未曾想到的。但是朱允炆深知不能太过于张扬，所以在前期尽量的保持低调，在收集六科给事中、十三道御史和都察院御史等人的资料同时，也掺杂了很多琐碎小事，令人摸不着头脑，而达到低调的目的。
而朱允炆自己，则是十分投入的参与到修订《大明律》和纠案平反的热潮当中去了。
大明从立国起，朱元璋就率群臣立法定制，制定了一系列法律法令，其中有代表性通行的有：《大明令》、《大明律》、《诸司职掌》、《洪武礼制》、《礼仪定式》、《孝慈录》、《教民榜文》、《皇明祖训》等。
而《大明令》相当于宪法，是不可动摇的。《大明律》虽然是和《大明令》一起发布，但是由于开始是命左丞相李善长等据唐律撰律二百八十五条，朱元璋一直嫌其有失偏颇，且不愿遵循古例。在洪武六年，诏刑部尚书刘惟谦等详定大明律。次年二月完成，颁行天下遵守。仍脱离不了仿效唐时的“五刑”制，最高刑罚死刑为绞、斩，其刑罚较唐律相异之处是在徒、流二刑下附加有杖刑。
后来一直在修改当中，在洪武二十二年，又诏令太子主持，翰林院同刑部官再次更定《大明律》。但是由于太子次年的病逝一直搁置，现在重新让皇太孙主持其事，不免让百官想入非非。因为只有皇帝或者是储君主持修订。
皇上到底是怎么想的呢？百官这样想，而朱允炆此时，也是这样想的，纵然他经常入宫拜见皇祖父，并定时汇报他经手的一些事务，但是朱元璋始终没有表示出什么明显的态度，只是轻描淡写的说了几句，或者是对于他处理事情的一些意见。
这一切都显得有些诡异，但是朱允炆观察很久，也只能把这些归咎于朱元璋的丧子之痛中，虽然他不相信老朱会这么看不开，但实在是没有理由能解释这一切。
不过，朱允炆也发现了一些蹊跷的地方，老太监德阳，居然从上次提走蒋瓛之后，就再也没有见过他的踪影。按照道理，大明在朱元璋当政期间，太监就连出京师传旨的权力都没有，他会去那里呢？
这只是一个疑问，转眼间，八月已经来临，随着梅雨季节的过去，朱元璋好像恢复了一些精神，此时，浙江再次发来急报，太湖水军自从折损了傅友德之后，倭寇日渐猖獗，欺水军无主帅，游走于各卫所之间走私货物，更有甚者，杀人勒索，无恶不作。
在杨杰的建议下，朱允炆对于从江南之地发来的奏疏，一律呈交皇上御裁，之前朱元璋还不为意。但是随着事态的发展，觉得倭寇实在可恨，遂下诏命魏国公徐辉祖、安陆侯吴杰备倭浙江。