第八使徒被初号机、零号机以及二号机合作歼灭，随着这一次行动的顺理完成，三位驾驶员之间的关系迅速拉近。
NERV组织所属的下层建筑施工人员对第八使徒在市内造成的破坏场地进行着修复工作，基地组织内部的工作人员则是在紧急修复初号机被第八使徒攻击造成的创伤，毕竟谁也不知道第九使徒什么时候会来不是。
当然了，这些事情暂时都和碇真嗣、绫波丽、明日香，还有葛城美里无关，前面三个少年少女跟着后面的大人去吃她事前答应的“大餐”——如果路边摊的卖的便宜拉面也算是是大餐的话。
第三新东京市的警报解除，恢复之前的平静，在防空洞中避难的人们纷纷走出来，习以为常的迅速恢复往日的生活节奏。
对此，零观不得不赞叹一声这些人的精神之坚韧。
在城市重新恢复生机的时候，NERV总部某处极为秘密的密室被打开，碇源渡和冬月幸增走了进来。碇源渡走到房间中央位置的椅子旁坐下来，冬月幸增把门关住锁好，走到碇源渡身后静静地站着。
嗡嗡嗡嗡嗡嗡嗡——————
漆黑的房间里亮起暗红色的光芒，七块奇异的石碑以漂浮着的方式出现在两人周围，石碑表面最显眼的就是标着的从一到七的数字。
没错，这些就是在幕后掌握着整个世界命脉的SEELE的绝对高层人员。
“到目前为止，计划进行的非常顺利。做得好，碇，我们当初果然没有选错人。”一号石碑说道。
“过奖了。”碇源渡淡淡的应道。
二号石碑传出声音：“和那个少年近距离相处了那么久，有没有收获呢？”
碇源渡眼前的镜片一闪，“不知道您口中的收获指的是什么呢？”
“当然是他的来历，如何拥有那种力量，目的是什么……这些事情，碇司令你以为是什么呢？”
碇源渡没有吭声。
其他几块石碑无言的悬浮着。似乎是在等待他的回答，又似乎是在鄙视着他，房间里的气氛变得有些莫名的诡谲。
果然……SEELE的这些老头子们坐不住了。冬月幸增面无表情的看着碇源渡的背影，碇。你要怎么回答呢？
“一无所获。”碇源渡淡淡的吐出四个字，然后继续说道，“对方一直都在忙着进行海洋生物系统的恢复工作，最近则是在进行其他生物的恢复工作，并没有受到他进行其他事情或者有其他目的的举动。”
“……是吗？原来如此。”一号石碑的语气有些古怪。随即他自己察觉了这种异样，咳了一声，沉声说道，“这件事情就这样算了。碇，计划已经进行到了关键的时候，绝对不许意外，你明白吗？”
“当然，实现是我最重要的人生目标，我是不会让它出现任何意外的，各位请放心！！！”碇源渡坚定的说道。
“那就好。”
“接下来。我们会把EVA三号机和傀儡系统送到第三新东京市去，有你在那里分别进行检测实验。”
碇源渡下意识的皱了皱眉，“傀儡系统？那种东西已经被开发出来了？”
“不错，有了傀儡系统，EVA机体就能被我们彻底掌控。”
“就算出了问题，也能有翻盘的余地。”
碇源渡脸上露出一丝不悦，说道：“恕我直言，傀儡系统……”
“碇！”
一号石碑发出声音打断了碇源渡的话，“这是SEELE的命令。还有，三号机和傀儡系统已经在运送到第三新东京市的路上。你做好接收的准备吧。”
“……我明白了。”
“不要让我们失望，碇！！！”
意味深藏的撂下这句话，七块石碑的光芒全都消失，房间内重新陷入一片黑暗。寂静的没有半点声音。
“碇……”
“冬月老师，安排下去，做好接收三号机和傀儡系统的准备吧。”碇源渡思忖了一下，继续说道，“另外，把二号机冻结吧。”
“……好吧。”
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由于“梵蒂冈条约”明确规定“一个国家不得拥有超过三架EVA机体”，初号机、零号机、二号机，再加上刚刚运送过来的三号机，第三新东京市这里已经有了三架EVA，所以必须封印一架才行。
很自然的，这个被封印的名额落到了二号机的头上。
不是因为她不是女主，没有女主光环，而是因为二号机的所有权不在这里，她现在还直属于欧洲政府，这里的NERV组织无权使用她。因此，二号机被封印以后，明日香就没办法再驾驶EVA了。
“可恶！如果没有了EVA，那我还有什么……”的一声，明日香一拳擂在前方的玻璃器皿上，满脸的不甘和恼怒，“那个该死的什么条约居然连这种事情都管？吃饱没事干了吗！！！”
“谁让你的EVA是人家造的呢。还有，大小姐，你下手轻一点，那里面的可是很重要的实验素材。”
零观无奈的瞅了明日香一眼，“话说回来，这种事情你干嘛对我诉说？对碇真嗣说不是更好，说不定还能得到安慰呢。”
“切！！！”
明日香哼了一声，扭头脑袋：“谁……谁……谁稀罕他！！！”
出来了啊。
原来如此，有话不直说，不愧是始祖界别的傲娇啊。
零观好笑的看着她，“说吧，你来找我有什么事？难道是想让我去教训教训那些冻结你的二号机的家伙们？”
“我才不是那种说话而已，没什么其他的用意。”说着，明日香脸上露出咬牙切齿的表情。
“……哦，原来如此。”零观楞了一下，随即笑了起来。
由于暗示魔术的影响，三个有问题的少年少女逐渐解开心结，开始尝试着接触真正的现实，很自然的，接触时间最长，又因为基因上的牵绊，碇真嗣与绫波丽的关系在旁人看来完全就是恋爱中的男女朋友。
这么一来，心里对碇真嗣有意思但却偏偏不好意思表现出来的明日香，就只能在心里暗自恼火和郁闷，会来零观这里多半是因为能和她聊天、开导她的葛城美里以及班长少女都没时间和她相处的缘故吧。
还真是傲娇毁一生啊！！！
话说回来，她这是把我当成心理导师了吗？
“叮铃铃——————”
明日香的手机铃声突然响了起来，明日香掏出手机打开，看了一眼显示屏上的显示，立即“切”了一声。
然后，她随手关上手机，重新装好。
看她脸上一脸不爽的表情，零观当下好奇的问道：“有什么事吗？”
“嗯，没什么，是受宠的发来的短信。”
“受宠的……你是说绫波丽，你们的关系已经好到能够互发短信的地步了吗，可喜可贺，可喜可贺。”零观笑道。
“我们的关系可没有好到那个程度。”明日香双手抱胸，不爽的说道，“我只不过是为了驾驶EVA，顶替了驾驶三号机进行一次实验而已，她就多礼的向我发了一条道谢的短信。真实的，肯定是受了那个笨蛋的影响。”
“呵呵……”零观轻轻笑了笑，心中忖道：三号机？原来如此，也就是说，第九使徒已经来了。
在剧中，第九使徒的入侵可说是非常有名的大事。
明日香驾驶三号机在松代实验场进行实验，结果事先侵蚀进入三号机的第九使徒趁机入侵，篡夺了三号机的控制权，从实验场地径直前往NERV本部。随后，碇源渡派遣搭载傀儡系统的初号机迎战。
因为知道三号机里面也有驾驶者，碇真嗣无法出手，碇源渡遂命令启动傀儡系统，被强行管制的初号机以暴力的战斗方式将三号机分尸并捕食，承载驾驶员明日香的插入栓也被当场咬碎。
目睹这个场景的真嗣对自己杀了人感到非常悔恨，后来知道驾驶员就是明日香的时候，开着初号机威胁并踩踏NERV本部直到LCL浓度升高，初号机停摆为止。
第九使徒的这次入侵，把刚刚有希望从绝望中走出来的碇真嗣重新打入绝望的深谷，让他知道了“大人”和“现实”的残酷。同时，碇源渡的残忍、冷血，为达目的不择手段也在这里更进一步的表现出来。
这虐明日香的一幕被一众宅男视为众多经典画面之一。
现在，明日香已经代替绫波丽接下了驾驶三号机的任务，也就是说，这件大事件即将轰轰烈烈的上演了。
说了几句闲话，被零观继续以暗示魔术影响之后的明日香离开了。
“第九使徒吗……去见识见识好了。”
展开魔术轻易找到三号机所在的位置，零观迈步来到这里。对于他的出现，四周忙碌着的人虽然感觉惊奇，但除此之外就没有更多的惊讶了。现在是个NERV组织的人就知道基地里有这么“神明”一般的人在，神出鬼没神马的都是见怪不怪了。
零观也没在意这些人，仰头看着被各种电线、拘束器束缚着的巨大人形机器。三号机的外表和其他的EVA相差不大，最不同的地方就是装甲涂层的颜色是黑色，腰间和手腕处的颜色是白色。
“这就是三号机……”