激战了数个月的南京城终于重归和平，内外城各城门皆被打开，不再限制百姓出城进城。每道城门皆车水马龙，车辆百姓川流不息。
大量的物质运入城中，城郊的百姓担着干柴菜蔬入城贩卖。秦淮河畔的三山门最为繁忙，大量的船只在秦淮河中停泊，排队等着从水门进入内城。
秦淮河中的沉船已经被打牢出来，搁浅的三艘海船也被数百纤夫拉回了长江，从长江经秦淮河进入内城的道路现在畅通无阻。
而要说最忙碌的还是外城，先前征调的数万乡勇并未解散，而是在江南总督府的命令下，正在清理外城。
先前的战斗中，反贼在外城修筑了太多的街垒营堡，整个外城所有街道都被街垒封锁，不拆掉这些街垒，别说城外的物质运不进来，便是百姓们的出行也会受到影响。
修筑街垒拆掉了太多百姓的房屋，因此有数以万计的百姓失去了房屋，一个多月的战事，因为寒冷而冻死的百姓便有数千之多，大街上拉运尸体的车辆接连不断。
撤掉街垒，帮助百姓重新修建房屋，这便是乡勇还有农兵们正在做的事情。
朱由检已经下旨，南京战事已经结束，从此以后不允许一个南京百姓冻死饿死，无偿帮助百姓修整房屋，施粥赈济吃不上饭的贫民。此举令整个南京城的百姓感恩戴德，皆呼皇帝仁慈。很多百姓主动加入清理重建家园的行列。
善待百姓，这是朱由检魂游四百年最大收获。得人心者得天下，只要能得到天下百姓爱戴，不用担心一切阻碍！
当然，朱由检的仁慈不是针对所有人，对那些投降反贼的士绅，对那些开城放反贼入城的勋贵文官武将，朱由检的态度比严冬还要寒冷！
整个外城全部收复，禁卫军彻底控制了内外城城防，逃跑的袁崇焕一行被李定国俘虏抓回，而被袁崇焕抛弃的文官勋贵更是无路可逃，除了少数人自知走到绝路为了免除屈辱选择了自尽，其他勋贵文官如傅振尚、熊明遇、张拱日等皆被俘虏。
南京刑部大牢，应天府、上元、江宁二县的牢房，全部被塞得满满的，关满了这些昔日的士绅权贵。
皇帝行宫，朱由检也多次举行朝议，商议如何处置这些人。最终的决定是从严从速！
经过了锦衣卫连夜审讯，询问出了大量口供，凡是和反贼有牵涉之人，只要没逃出南京城，全部被抓。南京城内二十多家勋贵，牵涉进逆案的多达十八家之多，只有怀远侯常延龄寥寥数家勋贵，坚决拒绝投降反贼，其他几个勋贵战死，怀远侯常延龄当时奉命守卫外城观音门，杀掉了劝降的反贼使者，带领部下死守观音门，等到了洪承畴从内城派兵支援。外城诸多城门中，唯有城北位于江边的观音门还在朝廷军队控制中，使得援军得以从观音门进入南京城，常延龄功劳不小。
南京六部官员，几乎都牵涉到逆案之中，从南京六部到应天府，四品以上官员全部被抓，罪名皆是从逆，其中也许有冤枉者，但没人会在乎。
至于南京城内的士绅，以钱谦益为首，更是大部分选择从逆，很多士绅被袁崇焕纳入幕府，或者充任各级官员，派往各府县任职。对这些被派出的士绅，等到各府收复，谁也跑不了。而还留在南京城中的士绅，则全部被抓捕，由锦衣卫审其罪行。
“袁崇焕，身为江西巡抚，深受国恩，却做出附逆之事，南京之所以出现此乱，皆由此人而起。臣以为当从重处置，判以腰斩之刑！”袁可立建议道。
抓捕的人太多，审讯处置工作太过繁杂，锦衣卫指挥同知刘文炳抓人言行逼供还行，让他给罪犯定罪却是为难了他，朱由检便给袁可立加左都御史衔，让他总责此事。
“腰斩是不是过轻了？”朱由检微微皱眉。另一个时空，袁崇焕因放纵建奴入关被处以凌迟之刑，说实话，当时施刑过重，建奴绕道蒙古入关抢掠也不能说全是袁崇焕之错，不过是因为其身在蓟辽督师位置上，不得不承担责任而已。
而现在，袁崇焕身为朝廷巡抚，和反贼勾结，拥立废福王世子朱由崧为监国，试图和自己争夺江山，并率二十万大军顺江而下攻打南京，以至于江南糜烂生灵涂炭，犯下了十恶不赦之大罪，如此重罪仅仅腰斩太过便宜了他！
“袁崇焕之罪，罪大恶极，当判以凌迟之刑，非如此不足以震慑人心，不足以为乱臣贼子戒！”朱由检掷地有声道。
“陛下所言甚是！”袁可立点点头，并未多话。恩出于上，罚也出于上，他给袁崇焕定下腰斩，本就有转圜的空间。若是朱由检认为惩罚过于严重，可以降为斩首或者绞刑，若是认为过轻，可以从重升为凌迟。
南京之战，袁崇焕是首罪，当先定下，至于其他人，也大都从重处置。隆平侯张拱日，投降反贼，打开凤台门接引反贼进入外城，以叛逆罪处以腰斩之刑，除爵抄家。魏国公世子徐文爵，率众投降，判以斩首之刑，除爵抄家。便是一直呆在内城的魏国公徐弘基，也以暗中勾结反贼之罪，被判处绞刑，除爵抄家。在南京存在二百多年的魏国公府，大明开国第一功臣徐达一系，从此不复存在。
至于其他投降反贼的勋贵，也都判处斩首除爵抄家，其家人尽皆流放到海南或台湾岛。
接下来便是投降反贼的南京官员，自南京兵部尚书傅振尚一下，从逆的官员一律被判斩首，对此朱由检毫无疑义。当看到钱谦益的名字时，朱由检微微愣了一下。
钱谦益，前礼部侍郎，东林党党魁，天启年间被罢官后一直呆在南京，此次主动归附反贼，深为袁崇焕器重，多次为袁崇焕出谋划策，随同袁崇焕逃跑时被李定国部下抓住，经过审判之后，同样被定下了抄家问斩之刑。
朱由检想了想后，亲自提笔改了判词。
“判以沉江溺毙之刑......”袁可立看着被改的判词，抬起头来不解的看着朱由检。
按照大明律，根本就没有这样的刑罚啊，沉江向来是宗族对那些不守妇道的女子的惩罚，难道是皇帝痛恨钱谦益，故意用这样的惩罚羞辱钱谦益？
“现在已经是正月，已然不是寒冬料峭，希望牧斋公不要嫌江水凉。”朱由检脸上露出似有似无的笑意。
“......”袁可立搞不清楚皇帝的心意，却也知趣的没有多问。
遵循从严从重的原则，对被抓一应罪犯的罪名定下以后，很快便处刑。
崇祯五年正月二十三日，南京外城菜市口，一队队全副武装的禁卫军士兵围成一圈，护卫着身后高台，在禁卫军圈子外，却是人山深海，无数南京百姓蜂拥而来，来观看对一众逆臣的刑罚。
高台上，一众逆臣被反捆着跪在台前，每个人脖子后面都插着长长的木牌，上面写着名字及所犯罪行，每个逆臣身后都站着一个身穿红衣怀抱鬼头刀的刽子手。
洪承畴满脸严肃的端坐在桌案之后，不时抬头看看天色。此次处斩的逆臣级别太高，身为江南总督的他亲自作为监斩官。
“王八蛋！”
“一群杀天刀的，早就该宰了他们！”
台下百姓纷纷叫喊着，烂菜叶土坷垃雨点般扔上台上，砸在一众逆犯身上。这些逆臣的罪名早已通过报纸公布于众，百姓们对他们皆恨之入骨。
南京之战，绵延一个多月，整个外城被打成一团糟，外城数十万人口，死于战火的至少有数万人，可以说是家家戴孝。抢掠，杀人，奸淫，各种罪行在外城几乎每天都在发生。
在百姓们看来，这一切都是台上这些逆臣罪犯带来，对他们自然恨之入骨，现在自然是发泄的时候。
无数的泥块甚至砖石扔到台上，跪在那里的逆臣皆被砸的头破血流，更有泥块仍向刽子手们，却被护在他们身侧的士兵用盾牌挡住。
对百姓们的怒火，洪承畴等禁卫军高层自然心里清楚，这也是为何把刑场设在外城菜市口的原因，就是希望百姓们把怒火发泄在这些逆臣身上，好为皇帝赢得人心，方便接下来重建南京、进行变革。
“大人，午时三刻已到！”一个观察着日冕的文吏站起身来，躬身禀告道。
“行刑！”洪承畴伸手抓起一支令牌，扔了出去。
“总督大人有令，行刑！”随着传令官一声高喊，刽子手们高高扬起鬼头刀，迅疾的挥砍下来。
一道道寒光闪过，鲜血如一道道喷泉一般骤然涌起，一颗颗人头滚落台下，台下观看的百姓们有的吓得捂住眼睛惊叫起来，有的却露出兴奋的神色。
很多百姓突然向高台涌来，去争夺那些滚落台下的人头。护卫高台的禁卫军士兵欲阻挡时，突然哨子声响起，便纷纷撤离了高台。
一阵混乱之后，骚乱慢慢停息了下来，台下只剩一堆骨头。
此刻，高台上绝大部分罪犯都被处斩，还活着的只剩下一个人，便是赤身裸体被绑在柱子上的袁崇焕，接下来三天内，袁崇焕要受凌迟之刑。所谓凌迟，又叫千刀万剐，其过程在报纸上也有介绍，很多百姓都有所了解。
接下来三日，很多百姓自发来到菜市口观刑，很多小孩子看过之后吓得整夜嚎叫。
而对此时的朱由检来说，处置这些逆臣只是一件小事，此时的南京城中，有太多重要的事情需要他处理。
战事结束，百姓需要安顿，虽然有大量的物质从江东江北运入，但南京城的物质仍然紧缺，市面上粮食价格已经比往年翻了一倍还要多久，每担大米价格高达三两银子！
很多百姓根本买不起粮食，只能等着朝廷赈济。朱由检已经下令赈济百姓，在内城外城共开设了二十四个粥场，每个粥场每天都有成千上万百姓等着施粥。但是赈济粥只能保证这些百姓不会饿死，想吃饱肚子却是根本不可能的事。
根据袁可立的建议，朱由检决定施行以工代赈，召集南京青壮五六万人，修缮城墙，疏通河流，在城外挖掘灌溉沟渠。每日给这些青壮十几斤粮食，既能建设一些大的工程，又让他们家人不饿肚子，还会减少社会治安问题，实在是一举三得。
除了民生问题，再就是对俘虏们的处置，也让朱由检及手下文武们头疼。
此战，二十万反贼被歼灭数万，剩下的或者临阵投降，或者被俘虏。十多万俘虏被收缴了武器，安置在内城清凉山以北的军营。如何处置这十多万俘虏，着实让人头疼。
杀掉是不可能的，毕竟是十多万人，朱由检平日里又自诩圣君，自然不可能做出杀俘之事。而且在朱由检看来，大部分俘虏只是毫无见识的农民，或逼不得已或被人蛊惑携裹，才加入了贼军，其错根本不在他们。
故朱由检决定，先把俘虏中的将领军官和普通贼兵分隔开来。然后让普通贼兵揭发将领军官们的罪行。罪大恶极的将领军官，无论其是否主动投降，尽皆处死！至于普通的贼兵，皆免其罪责。
经过一番甄别审讯之后，约有千余反贼军官将领被揪出来处死，剩下的便只是普通贼兵。对剩下十多万人的处置，同样是一个问题。
直接放回是不可能的，十多万人全部释放，让他们自己返回江西，且不说他们回去后会不会被江西反贼重新征召入伍，再就是回去的路上，必然引发很多社会问题。失去控制的乱兵，在回去的路上做出什么样的事情都有可能。
经过慎重考虑后，朱由检决定，暂不放回这些人，而是从这些人中征兵，在南京组建江南禁卫军，初步决定，招募组建十万禁卫！