李瑜是一个性格倔强顽固的皇帝，帝国经过了400年的发展，皇帝的权利被削弱了不少，因为很多时候根本就不需要皇帝的存在社会也能够自行运作，外朝的政治和社会处于历史上最好的时期，皇帝希望控制更多的权利。
文天祥这样的一个宰执，也是非常顽固的人，李瑜对于这些所谓道德高尚的人并没有多少好感，相反在文天祥入主门下省的时候，李瑜还在潜邸，而这些外朝的高官对于二世祖是瞧不起的，也不需要上杆子的巴结。文相的理念就是为帝国服务，为民众服务，而不是为某一个纨绔服务。
人生就是这样的奇特，虽然皇帝和外朝交往很少，大多是通过中书省发布一些执政政治的想法，通过门下省来发布，而具体的施政却是在尚书省，李瑜的权力欲并没有得到满足，在物质生活方面充足的皇族，资产足够李瑜挥霍，但是对于控制别人的命运却掣肘很多。所以李瑜登基以后多次试探外朝的底线，前不久要求轮换驻军的总督，被门下省通过了，但是在尚书省被打了几个折扣，只调换了4个殖民地的总督，做了轮换，其中一个还是年级太大，要求致仕的总督，大多数总督基本上都在原地继续执政。理由也非常充分，就是这些殖民地状况复杂，需要熟悉当地的总督继续留任。总之是变相驳回了这道诏令。
紧接着李瑜又出台了地方官吏的评价要有皇帝一票否决权，也就是铨选的最后一步需要皇帝颁布诏书任命。这一点再次碰触了外朝的神经，被封驳回去，不过措辞比较谨慎，提醒皇帝，铨选是吏部的正常职权，非内阁成员不需要皇帝批准，因为皇帝并不可能知道地区官员的真实能力，无法做到客观有效的考核。李瑜气的跳了起来，这是严重的限制了皇权，如果都这样了，还要皇帝干什么？给你们当傀儡吗？
而这次的事件基本上是李瑜临时做出的昏招，做出来以后，李瑜内心也是非常忐忑的，因为这个确实拿不上台面的理由，一个美女的哥哥不管多有能耐，基本上都不需要皇帝来插手人事任免。不过这个也是一个擦边球，因为殖民地总督的任免权确实在皇帝手里。
在被三封以后，李庭芝提出辞职，并叩阙长跪。这在近百年历史上是首次这样激烈的内外对抗。过去的一些对抗都因为双方的妥协而相安无事。而李瑜的这次对抗触到外朝的底线，皇权的滥用让外朝极端不爽，并且这次外朝的理由也非常充分，虽然皇帝有任免总督权限，但是铨叙和任用都有成规，需要层层考核才行。而这次是中旨直接任命就有些查收事权的想法了。
李相的叩阙直接引来了尚书省的响应，结果侍郎以上的官员几百人全体在玄武门长跪，声势浩大，场面悲壮。
李瑜在2个时辰以后，派出内官宣旨要求退下，并且对于外朝胁迫皇帝的行为进行了严厉批评。
这是再一次的触怒了外朝的神经，玄武门外悲壮的气氛感染了京城所有的官员，更多的官员在玄武门外长跪不起。
李瑜在内宫暴跳如雷，不顾司礼监内相的强烈反对，派出了神武军驱散了叩阙的人群，并且抓捕了带头的文天祥和李庭芝，送入大理寺，但是大理寺竟然拒绝接受，理由是未经宣判并且没有刑事罪，不能接受所谓的罪犯，让神武营将军无比尴尬，神武营还是忠于皇帝的，但是这样的乱命，仍然需要执行，只好派士兵驻扎在大理寺里看管几个高官。随后李瑜又直接下令贬斥李庭芝和文天祥为边缘区域总督，解散内阁，重新任命副手接任。
这一次的玄武门政变，史称“玄武门叩阙”，直接的后果就是全体官员提出辞职，中书省几千名官员的辞呈递交皇帝的时候，皇帝脸色铁青，并且心灵通讯局也接到整个外朝地方官员的全员性辞呈信息。皇帝害怕了，如果现在出动军队，会影响到王朝稳定，甚至爆发内战。这是皇帝绝对不能承受的。
御史台这个时候也发挥了作用，在这个关键时候，监察御史中丞要求皇帝道歉，收回成命。经过了2天的拉锯战，皇帝终于放下了面子，下罪己诏，收回成命，恢复外朝秩序。
而这次以文相、李相为首的内阁乘胜追击，不再沉默，会同御史台，成立了皇室监察委员会，与皇室进行谈判。400年的民智开启确实非同寻常，早已经出现自由意志的官员和民众已经不会在随便向皇权低头，他们直接要求皇帝逊位，这是大唐历史上第一次程序性的逼宫。
皇室这次被迫和外朝进行了谈判，外朝要求限制皇帝权利，特别是军队控制权，要求军队只负责对外，不允许对本土，对大唐本土设立巡捕系统，而巡捕系统归尚书省，军队归皇帝控制，但是军队不允许插手民政，采用虚内政策。皇帝也提出巡捕系统掌控的武装力量不允许扩大化，设立内务省，管理国内巡捕系统，建立行政权力和立法权利分离，皇帝有立法权，但是没有行政权，解释权归御史台，但是御史台不允许行政，御史台的成员要求在国民中具有代表性，官员可以成为主管，但是不允许成为立法者。御史台掌管立法。大理寺掌管司法。实现四权分离，也就是立法权，司法权，行政权和军权分属不同的机构。皇帝为国家最高权力象征，但是只能对外，对内皇帝是自然的教宗，掌管道教的信仰。教宗不允许参与任何国政管理。
这个谈判陆陆续续的谈了一个多月，终于达成了一个协议，这个协议仍然勒碑为据，该碑立于玄武门外。叩阙的所在。后建了一个牌坊，保护此碑，此碑后世称“宪章石”。
皇帝的权利缩进了内宫，但是却将视野投向了外界。皇帝李瑜无奈之下的妥协也成为了后世津津乐道的传说。后世传说李瑜主动放弃了权利，却将开疆拓土作为自己的施展文治武功的舞台。皇室开始投入巨资建立了巨型远洋舰队，皇子承担舰长开始了远征的里程。
公元1290年，李瑜派出的皇子李辰的舰队经过了3个月的航行，发现了美洲大陆，至此皇家科学院的测绘学家将地球的所有的大陆都完全掌握，并且绘制了详细的地球仪，在皇家科学院的门口放置了一个巨大的石制地球仪，采用钢架结构，地球仪能在2名大汉的推动下旋转，自此皇帝的威名传播四海。
皇家科学院在后来开设了多种学科，包括天文、地理、算学、格物学、理学、船舶学等学科，而皇家科学院下属的心灵学院是帝国最大的学校。
心灵学院产出了一个又一个的伟大的心灵技师。