第二天诏狱变成了炼狱，因为许显纯开始提审犯人了。在同室狱友都被活着提出却不见被提回后，众人沉默了，恐惧的情绪在他们心中蔓延，但谁也没说出来。
终于，轮到了杨涟。
许显纯拿出了那份伪造汪文言的证词，问：
“熊廷弼是如何行贿的？”
杨涟答：“辽阳失陷前，我就曾上书弹劾此人，他战败后，我怎会帮他出狱？文书尚在可以对质。”
许显纯无语。
很明显，许锦衣卫背地耍阴招有水平，当面胡扯还差点，既然无法在沉默中成功，只能在沉默中变态：
“用刑！”
杨涟的反应很直接：
“用什么刑？大不了一死而已！”
许显纯想让他死，但他必须找到死的理由。
拷打如期进行，拷打规律是每五天一次，卢象升就看到那个瘦弱的老头过几天便被拉出去毒打一次，但杨涟的下颌脱落，牙齿打掉，却依旧无一字供词。
于是许显纯用上了秘密武器——钢刷，刷的是肉，几次下来，杨涟体无完肤，他的身上的肉被刷的像发丝一般仍然“骂不绝口”，死不低头。
在一次严酷的拷打后，杨涟回到监房，用颤抖残破的手写下了《告岳武穆疏》。
在这封文书中，杨涟没有无助的报怨，也没有愤怒的咒骂，他说：
“此行定知不测，自受已是甘心。”
“涟一身一家其何足道，而国家大体大势所伤实多。”
昏暗的牢房中，惨无人道的迫害，无法形容的痛苦，死亡边缘的挣扎，却没有仇恨，没有愤懑。
只有坦然，从容，以天下为己任。
在无数次的尝试失败后，许显纯终于认识到，要让这个人低头认罪，是绝不可能的。
栽赃不管用的时候，暗杀就上场了。
许显纯接到了指令，他信心十足地表示，杨涟将死在他的监狱里，悄无声息，他的冤屈和酷刑将随他而去，鲜有人知。
事实确实如此，朝廷内外只知道杨涟有经济问题，被弄进去了，所谓拷打、折磨，闻所未闻。
对于这一点，杨涟自己也很清楚，他可以死，但不想死得不明不白。
所以，在暗无天日的监房中，杨涟用被打得几近残废的手，颤抖地写下了两千字的绝笔遗书。在遗书中，他写下了事情的真相，以及自己坎坷的一生。
遗书写完了，却没用，因为送不出去。
为保证杨涟死得不清不楚，许显纯加派人手，经常检查杨涟的牢房，如无意外，这封绝笔最终会落入许显纯手中，成为灶台的燃料。
于是，杨涟将这封绝笔交给了同批入狱的东林党人顾大章。
顾大章接受了，但他也没办法，因为他也是东林重犯，如果杨涟被杀，他必难逃一死。且此封绝笔太过重要，如若窝藏必成为阉党的死敌，但只要他还活一天他就要好好保管这封遗书一天。
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天启五年二月二十五日，窗外是还把新桃换旧桃的新年景象，窗内却是一番地狱般的景象——许显纯开始谋杀了。
不能留下证据，所以不能刀砍，不能剑刺，不能有明显的皮外伤。于是许显纯用铜锤砸杨涟的胸膛，几乎砸断了他的所有肋骨。
然而杨涟没有死。只是这次他连走都不能，是被抬了回来。卢象升看着这个多日以来这间牢房内仅存的狱友，心中充满了绝望！他憎恨自己为什么没有别人穿越后的那种神奇的能力，他身边的人，不是被搞的家破人亡，就是受尽冤屈，不公、不义横行人间，难道这就是自己向往的古代？